随着农业军事机械化的普及,人类古来驯养的役用动物马和驴的存栏数量近几十年来急剧下降.旧有的地方品种逐渐灭绝,现存的地方品种艰难维持.一方面,马和驴在人类发展历史上发挥过及其重要的作用;另一方面,马和驴已经开始逐渐不被当代人所关注,开始逐渐退出农业军事的舞台.为了承继古人对马属动物的热爱，为了维持已经驯化的马驴的品种资源，需要对马驴进行改良，将之改良为适合当代人偏好的家畜或宠物，使养马业和养驴产业在国际范围内重新兴起。为此，首先需要研究马和驴所具有的独特形状。在这里，通过马驴部分转录组的比较，根据已知的哺乳动物表型数据，挖掘出造成马驴的毛色和生长等性状差异的候选基因,通过对这些基因的深入分析，不仅可以探索控制马和驴在毛色和生长性状上的差异的基因，还可以借此改良现有的马和驴的地方品种。