海岛棉产量偏低,但大多数高抗黄萎病,而陆地棉产量高,但缺乏优异的抗病种质系和亲本材料。因此挖掘海岛棉的优异抗病基因,把海岛棉优异抗病基因转移到陆地棉背景中,对我国陆地棉抗病育种具有重要的意义。本文以生产上大面积推广的早熟陆地棉品种中棉所36为轮回亲本、高抗黄萎病的海岛棉品系海1为供体亲本,经过杂交、回交,构建了不同回交世代的群体BC₁F₁、BC₁S₁、BC₂F₁群体。以BC₁F₁的群体作为作图群体,利用不同来源的23569对SSR对亲本及F₁进行多态性筛选,共筛选出2173对含有海1显性条带的多态性引物,将所得到的多态性引物对BC₁F₁群体进行基因型检测,构建了包含2292个SSR标记位点、分布在26个连锁群、总图距为5115.16 cM的分子连锁图谱,几乎覆盖整个基因组,平均每个连锁群包含88个标记位点,覆盖196.74 cM;标记间平均距离2.23 cM。结合BC₂F₁病圃的4个不同发病高峰期及BC₁S₁和BC₂F₁大田各自黄萎病平均病指数据,利用Windows QTL Cartographer2.5复合区间作图方法进行QTL定位分析,进行多环境多世代多个不同发病时期QTL筛选。共定位47个与黄萎病抗性相关的QTL,其中32个QTL分布在A亚组的10条染色体（C1、C3、C5、C6、C7、C8、C9、C10、C11、C12）上,15个QTL分布在D亚组的9条染色体（C1、C3、C5、C6、C7、C8、C9、C10、C11、C12）上。47个QTL分别解释表型变异的5.48%¹6.66%,其中,37个QTL增效（降低病指）基因来源于海岛棉海1,提高植株的抗病性,加性效应为2.2¹0.7,解释的表型变异为5.48%¹6.66%;10个QTL增效（降低病指）基因来源于中棉所36,提高植株的抗病性,加性效应为4.9⁷.4,解释的表型变异为5.87%¹1.12%。有6个QTL能在不同世代或不同环境或不同发病时期下稳定存在;有8个QTL与前人研究结果相同,这些研究结果为棉花分子抗病育种提供了重要信息。