如何解决国家经济高速发展过程中出现的一系列湖泊及流域资源环境问题是摆在面前的一大难题。本文首先分析了导致湖泊污染现状的五个主要方面的原因：一是片面的GDP考核制度，二是法律法规间规定相互矛盾、语义含糊导致部门间权力冲突，三是湖泊污染防治机构职能交叉、条块分割、权威乏力，四是对水污染防治法律法规的执行缺乏公众监督机制，五是缺乏对政府湖泊污染防治的责任机制。最后，本文基于“将湖泊一流域系统作为一个生态系统加以保护”的思想，提出了构建湖泊污染治理长效机制的几点思路，一是建立绿色GDP生产体系，二是完善水污染防治的法律法规，三是成立独立的权威的综合性湖泊-流域管理机构，四是建立流域水污染防治的公众临督机制，五是建立新型的水质监测体制与信息传播制度，六是完善流域水污染防治的司法审查制度。