将污染源在线监控系统纳入环境监测部门,有利于发挥部门的优势，有利于在线监测体系顺畅运行，实现各部门间相互监督和制约，但是会有系统内部沟通不畅，监察部门的积极性不能充分调动，不利于数据的质控监督等问题。随着环境监测预警体系和执法监督体系的提出，各地都在建设各类指挥中心，这也直接关系到污染源在线监控中心的走向。环保行政主管部门的信息中心应该负责数据中心的建设，系统内其它部门作为用户共享数据，这样可以保证数据的安全性、统一性、共享性和应用性。污染源在线监控中心在度过艰难的建设、发展后，也应归并到信息中心，包括数据传输、监控平台、数据应用的链路都可以转移到该中心。监控、监测和监察等都作为用户在软件平台上履行各自的职责。原有的在线监控中心的概念逐渐弱化，最终形成的格局将是监控中心纳入信息中心。