抗性淀粉(Resistant starch,RS)是指在健康个体的小肠中不能被吸收的淀粉或淀粉降解产物(欧洲抗性淀粉协会EURESTA定义)。RS在大肠中可以被生理性细菌发酵,产生短链脂肪酸(Short chain fatty acids,SCFA)和气体,RS具有降血糖、降血脂、促进肠道健康及促进矿物质的消化和吸收从而增加营养等多种重要的生理功能。高RS饮食者与低RS饮食者相比,具有较少的胰岛素反应,这对糖尿病患者控制餐后血糖值有很大益处,尤其对于非胰岛素依赖型病人,通过摄食高RS食物,可延缓或抑制餐后血糖上升,有效改善糖尿病病人的病情。由于RS的测定过程复杂、耗时长、成本高,已经成为影响育种和遗传研究的重要限制因素,采用分子标记辅助选择育种是最为有效的手段之一,为了建立起高效高RS水稻新品种培育的分子标记辅助选择育种体系,本研究以降糖稻1号作为高RS基因供体材料,分别与产量较高的密阳23、秀水123和沪稻55进行杂交,并利用三个杂交群体早世代籽粒垩白特性、直链淀粉含量(Amylase content,AC)及功能标记(CAPS/SpeI)进行高RS水稻辅助选择育种。研究结果表明,籽粒的垩白特性与RS含量有很高的关联性,早世代通过垩白度和垩白粒率可以淘汰大部分低RS含量单株,再结合利用控制水稻RS合成主效基因sbe3-rs上的一个功能标记(CAPS/SpeI)可以准确确定sbe3-rs基因型纯合的高RS含量单株。经连续自交稳定和辅助选育,最终培育了三个兼具功能性、高产和优质的高RS水稻品系RS 23、RS123和RS 55。本研究首次提出利用对杂交群体早世代籽粒垩白特性挑选淘汰大部分低RS含量单株,同时结合分子标记辅助选择显著提高选择效率和准确度,建立了高RS水稻品种选育的高效分子标记辅助选择育种体系,为今后开展高RS育种提供新的理论依据和基础材料。