利用AFLP技术分析天然与人工杂交获得的三倍体枇杷及其亲本的基因组差异以及三倍体的遗传多样性,结果表明：天然三倍体枇杷中12对AFLP引物共扩增出2454条带,平均每对引物扩增204．5条。与母本比较,三倍体显示差异条带208条,差异性比例为8．5％。差异条带存在2种类型,即条带的新增及缺失,分别有112条和96条,出现的频率为53．9％及46．1％。与母本差异位点数目由多到少的株系为A369、A348、A35、A368、A322、A313,且均出现了条带新增和缺失位点,新增条带为12—25条,平均18．7条：缺失条带从13条到22条不等,平均为16条。人工三倍体枇杷中12对引物共扩增出条带3122条,平均每对引物产生条带260．2条,其中差异条带294条,差异性比例9．4％。差异条带共存在4种类型,即新增、缺失、父奉遗传和母本遗传,分别存在82、58、49和105个差异位点,出现的频率分别为27．9％、19．7％、16．7％和35．7％。由此可见,人工三倍体枇杷在形成过程中发生了基因组分子水平的变异,扩增时出现了一定比例的条带新增和条带缺失情况。杂种与亲本之间差异位点由多到少的顺序为杂种8号、杂种4号、杂种1号、杂种6号、杂种19号、杂种3号、杂种2号。天然与人工三倍体枇杷均发生了明显的基因组变异,显示出一定的遗传多样性。