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采用PCR法检查新疆5个地区262份牧马粪便样品,隐孢子虫和十二指肠贾第虫感染率分别为2.7% (7/262)和1.5% (4/261).7份隐孢子虫阳性均发现于马驹,4份十二指肠贾第虫阳性均发现于成年母马.基于SSU rRNA和gp60基因,7份隐孢子虫均被鉴定为隐孢子虫马基因型,其亚型为ⅥaA 15G4;基于SSU rRNA和tpi基因,鉴定出4份十二指肠贾第虫分属于人兽共患集聚体A(n=2)和B(n=2).此次调查为我国首次报道牧马感染隐孢子虫和十二指肠贾第虫.