在对珊瑚礁的保护和管理实践中，可持续利用珊瑚礁资源的理念不断完善，成功和失败的经验教训演化出若干珊瑚礁可持续发展的方法和模式：海洋保护区、基于社区的综合海岸带管理、基于生态系统的海洋管理、基于系统动力学的决策支持系统、驱动力-压力-状态-影响-反应模型等。分析了南海诸岛在珊瑚礁国土资源、渔业资源、旅游资源和油气资源等方面的可持续发展潜力,及其所面临的自然、人为压力,因此应该根据科学来设计和管理，如设立珊瑚多样性高的区域、非获取区;要有足够的预算和人员，足以实施保护区网络内的具体区域和范围更广的海岸带管理，以及限制破坏性的活动。为综合海岸带管理提供更具体的实施措施和监管措施，并充分考虑到各利益相关者的替代选择。即不同层次政府的责任要清晰。国家级和海南省政府主要负责与MPAs网络相关的政策、规则、计划的发展和技术指导，并为新建立的大范围高级别的MPAs提供有限的用于基础设施建设的资金。三沙市政府主要负责选取地点，为MPAs的管理和实施提供资金和人员，并协调与MPAs有关的各种国家及地方法律法规的关系，负责MPA，的实施和巡视，以及协调利益相关者的关系。南海诸岛海洋同南海沿岸国家海洋乃至全世界海洋联通，有共同存在的问题，须全球海洋治理，因此基于生态系统的海洋管理方法在南海诸岛珊瑚礁可持续发展中必不可少。