随着军民融合上升为国家战略，国防建设中的军民格局以市场化为导向正发生深刻着改变。军工院所作为国防建设中的优质资产，掌握着丰富的科研资源与技术成果，具有过硬的科技软实力。由于其事业制身份而无法直接借助市场化手段去完善自身资本结构与业务组合，如何采取主动姿态去应对军民融合伴随而来的市场化冲击是当前摆在其面前的严峻现实。本文依据军工院所自身特性与现状，提出一种适用于事业制院所在现行制度框架下可自主推行的市场化改造新模式——“技术孵化式混改”，即从其科技资源中分拣组合出批量的实用型知识产权资产包，以作价参股的形式分散化注入到市场化企业主体中去，以完成国有无形资产与承接企业资本的混合所有制改造。本文结合当前法律与政策条件论证了事业制军工院所自主推行该方案模式的可行性，阐明其作为一种低风险、小体量、易推行的外生性产权所有制改造，具有优化人员配置、盘活无形资产与协同产业链的积极作用，是当前军工院所在无法利用市场工具条件下不可或缺的一种替代性机制，也是与传统自上而之下式的改革深化模式交相呼应，充分发挥实施主体能动性的一种补偿性举措。