生态补偿作为一种新的鼓励正外部性行为的经济激励手段迅速在全球范围内广泛展开。它被应用于林业、流域管理、农业环境保护、生物多样性保护、碳贸易、景观维护等领域。然而,生态补偿的理论与实践尚处于初始阶段,谁补偿谁,补偿多少,如何补偿是生态补偿仍有待于逐步解决的三个主要问题。本文通过回顾发达国家(如美国、欧洲国家)和发展中国家(如中国、拉丁美洲国家)在实施生态补偿过程中采取的措施和所做的各种努力,总结出其中存在的问题,主要归结为:生态学与经济学的理论与方法缺乏交叉,制定补偿标准的理论基础与现实依据不足,多数情况仅考虑对受偿者的补偿标准,而忽略了受益者的支付标准,受偿方与支付方界定不清,尤其是支付方不明确,直接对补偿资金的筹集造成影响,导致资金供给不足,补偿目标过于偏重生态目的,忽略了导致生态问题的社会经济因素,生态补偿的监管措施缺乏等等。基于这些问题,本文提出将生态保护与社会经济发展有效融合贯穿整个生态补偿机制始终,完善生态补偿机制,主要采取以下措施:正确识别生态补偿的参与者与受益者;以机会成本为理论依据,设定合适的补偿标准;综合受益程度、支付能力和支付意愿确定支付方的支付标准;资金筹措和发放措施;建立生态补偿组织管理体系。