中医采用整体的、恒动的思维方式，一开始就没有走向机械、分析之路，认为人不是一个可以不断分割的静态机体，而是一个有机的、开放的系统，人体内小时空对应体外大时空，对应大宇宙的天时、物候、方位及万事万物。从整体、宏观、动态、联系上认知生命，是中医的思维特点，也无疑是生命科学的大方向。中医的整体、直觉的思维与现代医学相比，显得笼统和模糊，重体悟不重论证。西医重个体、分析的思维，忽视整体以及个体间相互关联，往往是只见“树木”不见“森林”;其实体-结构思维是直观、明确的，却割裂了人体原有的横向联系，显得呆板、机械;其实证一量化思维带有程式化的倾向，以统一标准看待有差异的个体，结论往往有偏差。通过对照可知，思维方式决定下的中西医大异其趣，各有利弊。因此，用西医的价值体系、思维方法来评判、怀疑甚至否定中医的做法是不可取的。并且，现代科学研究认为，人体是一个开放的稳态巨系统，人体内各组织系统通过反馈与控制而达到稳态平衡，这种观点与中医学的理论不谋而合。因此，对中医学中其独特的哲学内涵加以深入的研究，提取对认识中医学的本质，掌握中医学的内在规律，继承和发扬传统中医学具有重大意义。同时，对以哲学为指导的认识论及世界观加以深入研究，将会对未来的自然科学的研究提供方法和思考。