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面向蛋白质二级结构预测领域，基于FPGA 平台设计了一种细粒度的GOR 算法加速器，采用多端口并行查询策略同时获取当前中心残基计算窗口中的所有信息值；使用流水线的计算方式有效提高了并行效率。在单片FPGA 上的实验结果表明，与运行在Intel E7400 双核处理器上的GOR IV程序相比，可获得超过284 倍以上的加速效果和超过240 倍的系统性能功耗比。