柑橘黄龙病(Citrus Huanglongbing,HLB)是严重影响柑橘生产的检疫性细菌病害,该病害传播流行快,为害区域广,目前尚无有效的治疗方法,砍除病树、防控木虱和种植无病苗是当前防控的主要措施。我国发生的黄龙病由韧皮部杆菌亚洲种(Candidatus Liberibacter asiaticus)引起,该病原目前尚不能培养,因此当前的检测主要依靠常规PCR和定量PCR方法。这些检测手段存在灵敏性、一致性等方面的不足,制约了其在病害早期快速诊断中的应用。微滴式数字PCR(Droplet digital PCR,ddPCR)是近年兴起的快速、灵敏检测新技术,本研究对反应中的退火温度、引物浓度和探针浓度进行了优化,建立了柑橘黄龙病菌亚洲种的数字PCR检测方法,同时比较了qPCR和ddPCR方法的线性范围、灵敏度并进行相关性分析。研究结果表明ddPCR反应中的最佳退火温度为54℃,引物浓度为1 000nmol//L,探针浓度为500nmol/L。ddPCR的线性范围较qPCR小,从10~10~5拷贝/μL而qPCR线性范围从10~2~10~8拷贝/μL。ddPCR的灵敏度较qPCR高,达到8.8拷贝/20μL,qPCR和ddPCR检测结果呈现显著的相关性,相关系数r=0.99,P<0.001。应用建立的ddPCR检测方法对定量PCR检测中Ct值(Cycle threshold)较高而无法判断是否为阳性的柑橘叶片DNA样品进行了检测,结果ddPCR能准确读出样品中目标DNA的分子数,表现良好的低丰度检测稳定性。