菜薹糖转运蛋白基因BcSWEET1的克隆和生物信息分析

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菜薹(Brassica campestris L. ssp. chinesis(L.)Makino var. utilis Tsen et Lee),俗称菜心,为十字花科(Brassicaceae)芸薹属(Brassica)芸薹种白菜亚种中的一个变种,是华南地区栽培面积和产量都最大的特产蔬菜。菜薹的食用器官为幼嫩的薹茎,因此薹茎的发育是决定其品质和产量的关键因素。薹茎发育包括薹茎形成(抽薹开花)和营养物质积累两个部分。目前对于薹茎发育的研究主要集中在薹茎形成调控机制方面,关于营养物质积累调控机制研究较少。蔗糖和葡萄糖等糖类物质是薹茎中主要的营养物质,其在薹茎中的卸载和积累在整个同化物分配过程中起着很重要的作用,同时薹茎中糖分的种类和含量影响薹茎的品质和风味,因此探明糖类物质在薹茎中的积累调控机制具有重要的理论意义和实践价值。糖转运蛋白SWEETs家族可对糖类物质进行双向跨膜运输,属于低亲和性的糖转运蛋白。相对其他糖转运蛋白而言,SWEETs蛋白具有能顺浓度梯度、不依赖p H值、不消耗能量的高效转运糖类物质等特点。这为研究园艺作物糖类物质积累、提高园艺作物产量和培育高质高产新品种提供了新的思路。以菜薹早熟品种‘油绿501’为材料,选取快速发育时期薹茎提取RNA并反转合成cDNA。根据前期转录组及代谢组数据筛选出差异表达的基因BcSWEET1,根据白菜基因组序列设计引物,采用同源克隆法从菜薹薹茎cDNA中克隆BcSWEET1并对其进行生物信息分析。结果表明:菜薹BcSWEET1的ORF全长741 bp,编码246个氨基酸,氨基酸序列与AtSWEET1同源性最高,属于SWEET1蛋白第一分支。BcSWEET1蛋白理论分子质量为27139.16,等电点为9.32。蛋白稳定系数为29.69,总平均疏水性为0.527,为疏水性蛋白。亚细胞定位分析表明BcSWEET1定位于细胞膜上,同时跨膜结构域分析表明BcSWEET1具有7个跨膜区域。功能结构域分析表明BcSWEET1具有2个SWEET1蛋白典型保守结构域MtN3_slv。
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