长牡蛎是世界海水养殖的重要品种，是进化地位重要但研究相对较少的冠轮动物超门的代表种，但目前对长牡蛎基因组的信息所知甚少。快速发展基因组测序技术为长牡蛎基因组的深入研究提供了可行性。本研究对构建的第一个报道的长牡蛎fosmid文库进行了末端测序和序列分析。主要结果1)构建了长牡蛎fosmid文库，该文库包含459,936个克隆，插入片段平均大小分布在23-48Kb，平均插入片段约为40K，连续培养5天的EcoRⅠ和HindⅢ酶切图谱表明该fosmid文库在传代过程中没有插入片段的丢失和重排，具有传代稳定性。研究对文库部分克隆测序0．0258X(总测序长度为34676588bp，平均长度为384．27bp，长牡蛎基因组大小为824Mb)。2)SSR分析。基于fosmid末端测序，用TRF等软件对长牡蛎的fosmid文库末端测序序列和29,573条EST序列进行了微卫星分布和进化动力分析。分析结果表明为微卫星在长牡蛎基因组中广泛存在，共3200个。这些微卫星中有1356个两端侧翼序列大于30bp，是微卫星标记开发的候选。