【摘 要】
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本研究对包括18S rRNA、28S rRNA、ITS、COI的全长,以及它们的部分序列(18SD、28SD、ITS1、ITS2)在内的8段DAN区域的484条序列,按照国际条形码联盟推荐的方法对几个候选基因
【机 构】
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家畜疫病病原生物学国家重点实验室,甘肃省寄生虫学重点实验室,农业部草食动物疫病重点实验室,中国农业科学院兰州兽医研究所 甘肃兰州730046
【出 处】
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中国畜牧兽医学会家畜寄生虫学分会第七次代表大会暨第十二次学术研讨会
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本研究对包括18S rRNA、28S rRNA、ITS、COI的全长,以及它们的部分序列(18SD、28SD、ITS1、ITS2)在内的8段DAN区域的484条序列,按照国际条形码联盟推荐的方法对几个候选基因分别从扩增效率、种内距离、种间距离、物种鉴定效率几个方面进行了比较.结果对本实验室25株梨形虫扩增后,18S rRNA、28S rRNA、ITS的扩增效率为100％；而COI在使用了数十对引物后最后的扩增效率仍为84％.通过分析种间变异/种内变异分布频率,除了28SD以外,其余7个片段在种间和种内变异之间都没有明显的gap.虽然两者之间有重叠,但ITS2的重叠部分最小.用三种不同的方法(建树法、最小距离法、本地BLAST法)分别对每条序列作为条形码对物种在种、属水平的鉴定效率进行评价,结果在种一级水平上,28S和28SD具有最高的平均正确鉴定率(98％),其次是COI(95％),最低的为18SD(84％).在属一级水平上,ITS1和CO1的鉴定成功率都为100％,最低的为ITS(91％).虽然18S和18SD在属一级上具有很高的鉴定率,分别为(99％)和(98％),但在种一级上却比较低,仅为(87％)和(81％).总之,通过从扩增效率、序列质量、覆盖度及物种区分能力,综合考虑几个候选序列,得出ITS2是梨形虫现有数据情况下最适的条形码基因.
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