土地整理作为增加耕地面积、提高耕地质量、推进现代农业发展的有效手段,已上升为国家战略.但是土地整理项目管理中存在的问题已经阻碍国家战略目标的实现,亟需管理制度变革.文章随机对安徽省8个已实施土地整理项目的行政村、167户小农户(534块样本田,其中397块项目覆盖)和22个新型农业经营主体进行调查,结果表明,土地整理项目管理存在主要问题有：(1)不同类型土地整理项目投资差异较大、高标准农田建设项目地方没有配套投资.(2)土地整理项目规划设计、施工、竣工验收环节,农民集体的参与停留在形式上.8个行政村中,仅4个村规划设计征求村民代表意见,其余四个村镇、县级国土部门负责并没征求意见；项目实施中,4个参与的村仅是协调农户工作；项目竣工验收中,仅1个村村民代表亲自参与验收,且验收多次才通过,其余7个村的村民代表只是在完工验收文件上签字,能否正常使用并没有让签字.(3)规划实施效果不好,不利于现代农业发展.6个行政村在项目施工、竣工验收后,依然存在地块没平整、灌排设施没按照规划设计要求配套以及工程质量隐患.397块样本田中,仅32块耕层厚度增加；土壤改良的44块；便于机械耕作的247块；农田水利变好的166块；增加防护林带的31块；生态环境改善的118块.22个新型农业经营主体的样本田中,耕层厚度增加的占27.28％；土壤改良的占31.82％；便于机械耕作的占77.27％；农田水利变好的占63.64％；增加防护林带的占13.64％；生态环境改善的占22.73％.问题的关键在于：(1)农民集体参与度不高且话语权弱；(2)地方政府干预过多,存在权利寻租；(3)规划设计缺乏科学性和可操作性.为此,根据制度变革的共同治理框架,设计农户参与的土地整理项目管理机制：(1)项目申报经营主体负责机制,农民集体和新型农业经营主体可以根据现代农业发展的需要申请不同级别土地整理项目,政府根据配套政策、标准和项目规划设计内容来审核确定支助资金；(2)项目规划设计由村集体有经验的村民代表自行完成,由政府部门和专家组评审、进行可行性评估和提出修改意见,建立农民集体、政府机构和专家共同参与规划设计的机制；(3)村集体选择项目施工单位机制,自行监督以按规划设计标准施工,政府部门根据施工进度拨付资金；(4)建立竣工验收后阶段评估制度和保证金制度.为保证项目竣工验收后配套设施能正常使用,实行验收后2年、5年等阶段评估,2年、5年后能正常使用则返还一定比例的保证金,若不能正常使用,则保证金全部没收.