本文采用454焦磷酸测序技术对我国甘肃和四川的少数民族地区传统方法制作的酸牦牛奶中微生物的16S rDNA基因进行 高通量测序,分析其中的微生物多样性.结果测得7份酸牦牛奶样本中细菌16S rDNAV5-V6区序列26958条,每个样本中平均获得3851条序列.分析结果显示每个样本中种水平分类的细菌为21～84 OTUs.所有酸牦牛奶样本中细菌分属于5个门37个属和其他未知门的细菌.其中占比例最高的是厚壁菌门(Firmicutes),在每个样本中都出现,变化范围为69.8％～99.8％；此门中Lactobacillus,Streptococcus,Lactococcus,Leuconostoc是酸牦牛奶样本中的优势属.其次是放线菌门(Actinobacteria),此门除了包含双岐杆菌属(Bifidobacterium)外,还有丙酸杆菌属(Propionibacterium)、纤维素单胞菌属(Cellulomonas)、棒杆菌属(Corynebacterium)等.另外,拟杆菌门包括鞘脂杆菌属(Sphingobacterium)和金黄杆菌属(Chryseobacterium)的细菌；异常球菌-栖热菌门包括了热菌属(Thermus)；变形菌门的醋杆菌科(Acetobacteraceae)、慢生根瘤菌科(Bradyrhizobiaceae)、柄杆菌科(Caulobacteraceae)、肠杆菌科(Enterobacteriaceae)、生丝微菌科(Hyphomicrobiaceae)和莫拉菌科(Moraxellaceae)等的细菌.从地域上看,甘肃和四川酸牦牛奶样本间的细菌的主成分分析相差明显.从分类的结果看,454焦磷酸测序反映了更多的细菌多样性种类.在各个分类水平上,它都比以往任何探测关于发酵乳的多样性的研究得到了更多的分类种类和未知种的细菌,证实了甘肃和四川的酸牦牛奶含有丰富的乳酸菌资源.客观、全面认识我国传统发酵酸牦牛奶中微生物的多样性将对乳品工业的发展具有重要意义.