近年来由于过度捕捞和环境变化,皮氏叫姑鱼(Johnius grypotus)的野生资源已开始衰退,而其作为马鞍列岛保护区具有代表性的暖水性鱼类,需要采取措施减缓其野生资源的衰退,因此,从皮氏叫姑鱼食物组成分析其饵料资源种类,并提出相应的保护对策,对野生皮氏叫姑鱼群体的资源保护和合理开发具有十分重要的意义.本次实验采用分子生物学手段与传统观测手段相结合的方法,对2014年夏季在马鞍列岛海域捕获的202条皮氏叫姑鱼进行分析,通过现场解剖发现夏季的皮氏叫姑鱼的空胃率较高,达到84.65％；通过解剖观察发现在总胃含物质量中不可辨认的虾类占1.84％,不可辨认的蟹类占17.65％,不可辨认的食物组分占58.25％.针对不可辨认的食物组分,通过提取不可辨认食物组织的DNA,选取线粒体基因细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(Mitochondrial cytochrome oxidase subunit Ⅰ,COd作为分子标记选择对组织DNA进行序列扩增.通过在Genbank中进行比对分析,利用MEGA6.06构建N-J系统进化树,结果分析表明,在不可辨认的食物糜中,鉴定出中华管鞭虾(Solenocera crassicornis)、鲜明鼓虾(Alpheus distinguendus大日本蟳(Charybdis japonica)、巨指长臂虾(Palaemon macrodactyl)、日本鼓虾(Alpheusjaponicus Miers)、褐菖鲉(Sebastiscus marmoratus)、中国毛虾(Acetes chinens).所提取出来的基因序列在Genbank中的相似度达到99％以上,说明通过扩增胃含物的不可辨认的糜可以获得肉眼观察无法看到的种类,解决了我们对于未知成分物种组成的困惑,为下一步选择保护皮氏叫姑鱼的摄食对象以及在夏季休渔期的保护策略奠定基础.