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完全甜柿果实成熟后不需人工脱涩处理即可脆食,因而具有更高的商品价值和市场竞争力。前人的研究表明,中国甜柿具有与日本甜柿不同的自然脱涩特点,且其自然脱涩性状受显性单基因位点控制,因而在完全甜柿遗传改良中比日本甜柿具有更高的利用价值。本研究中应用第二代高通量测序平台Illnmina Hiseq 2000对中国甜柿‘鄂柿1号’(Diospyros kaki Thunb.‘Eshi 1’)果实自然脱涩过程中的两个关键时期(花后10和20周),及花后10周温水(40℃/36 h)脱涩处理后的果实进行转录组测序。测序共获得36 470 483 280 nt数据;组装后获得总Unigene 135 999个,总长166 861 433 nt,平均长度1 227 nt,N50达到2 071 nt。注释到NR、NT、Swiss-Prot、KEGG、COG、GO数据库的Unigene分别是83 390、74 537、52 765、50 920、35 137、64 866个;共86 784个Unigene被注释。预测编码区(CDS)共84 429个,比对到蛋白数据库的CDS共81 317个。自然脱涩过程中共有15 342个Unigene差异表达,其中3 423个上调表达,其余下调表达。温水处理后,共79 554个Unigene差异表达,其中15 369个上调表达,其余下调表达。自然脱涩和温水处理脱涩过程有403个Unigene共同上调表达,9 692个Unigene共同下调表达。自然脱涩过程的5 233个差异表达基因(DEGs)注释到125个Pathway,其中有34个是显著富集的Pathway(Qvalue≤0.005),如类黄酮代谢(105个Unigene),花青素代谢(10个Unigene),次生物质代谢(834个Unigene);温水脱涩的50 920个DEGs注释到129个Pathway,其中有30个是显著富集的Pathway,如丙酮酸代谢(296个Unigene),次生物质代谢(3 285个Unigene);两者共有125个相同的Pathway,其中有12个显著富集的Pathway。在差异表达文库中共筛选了409个可能编码原花青素合成途径中相关酶的Unigene以及1 974个可能编码6种与原花青素代谢有关转录因子的Unigene。可能编码ANR(花青素还原酶)的Unigne数量明显较LAR(无色花青素还原酶)多,表明ANR在原花青素合成中具有更重要的作用。自然脱涩过程中,原花青素前体合成、跨膜转运及聚合相关基因多数下调表达,温水脱涩处理后相关基因下调表达趋势一致但更加明显。与乙醛代谢相关的Unigene中,可能编码PDC2(丙酮酸脱羧酶2)的Ungene57828 All在自然脱涩和温水脱涩处理期间均上调表达;与编码ADH(乙醇脱氢酶)相关的Unigene中,ADH1数量最多,且以下调表达为主。编码ALDH2(乙醛脱羧酶家族2)相关的Unigene在温水脱涩处理后大幅下调表达,这可能是温水处理能使果实快速脱涩的重要原因。因此,温水处理与自然脱涩过程可能存在相似的与自然凝固相关的基因表达模式。