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氧同位素是石笋古气候研究中运用最为广泛的指标之一，取得了重要的进展。然而，多指标研究表明，影响石笋氧同位素的因子多样且难以区分，如Serefiddin等通过研究美国Reeds Cave中的两根石笋和现代滴水，发现同时代的方解石沉积物中δ18O最大差值为4‰，现代滴水δ18O的差值可达5‰，作者认为导致这种差异的原因为表层岩溶带中不同的水流路径，而Riechelmann等则认为此类差异为不同的水流模式造成。