应用MALBAC技术进行脊髓性肌萎缩症胚胎植入前诊断前期研究

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目的:应用并评价多次退火环状循环扩增(Multiple Annealing and LoopingBased Amplification Cycles,MALBAC)技术在脊髓性肌萎缩症spinal muscular atrophy,SMA)基因变异单细胞水平诊断的价值,进行SMA胚胎植入前诊断(preimplantation genetic diagnosis,PGD)前期研究。方法:收集SMN1基因7号外显子纯合缺失皮肤成纤维细胞及正常皮肤成纤维细胞以及废弃胚胎单个卵裂球细胞,分别使用MALBAC和MDA进行全基因组扩增。设计引物对扩增产物Sanger测序检测SMN1及SMN2序列,并检测D5S1967、GATA141B10和D5S1491三个微卫星位点进行连锁分析,评估扩增效率、等位基因脱扣(allele dropout,ADO)率等。结果:①52份正常成纤维细胞分别用MBALBAC、MDA扩增,SMN1目的基因扩增成功率MBALBAC为100%(52/52),MDA为96.15%(50/52);SMN1位点测序显示MALBAC的ADO率为11.53%(6/52),MDA的ADO率为4.00%(2/50);p<0.05②56份疾病细胞系MALBAC扩增成功率94.64%(53/56),MDA扩增成功率100%(56/56);两种方法的SMN1位点检测符合率100%,未发生假阳性情况;三个STR位点ADO率MALBAC为4.16%(7/168),MDA为4.17%(7/168),两者无显著性差异;③对废弃胚胎单个卵裂球细胞MALBAC扩增成功率83.33%(15/18),MDA扩增成功率94.73%(18/19)。SMN1位点测序MALBAC的ADO率为13.33%(2/15),MDA的ADO率为11.11%(2/18)。结论:本研究建立了稳定的MALBAC和MDA全基因组扩增体系;针对SMA疾病开展单细胞水平遗传学诊断,MALBAC全基因组扩增技术具有与传统MDA方法相似的高成功率和低ADO率。
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