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模式物种是用于研究某种特定的生物学现象而被选定的物种,是生物学、医学和农学研究必不可少的工具。药用模式物种研究体系是以具有重大经济价值和典型次生代谢途径的物种作为模式进行系统研究的体系。本文从药用模式物种的选择、药用模式物种研究体系的建立和药用模式物种的应用详细阐述了药用模式物种研究策略。药用模式物种研究体系的建立又包括药用模式物种基因组的获得,药用模式物种遗传转化体系的建立和药用模式物种功能基因研究策略。在应用层面,本文从药用模式物种对次生代谢途径的挖掘、中药活性物质的生源合成和药用植物分子育种三个方面的促进予以展望。