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2012-2015年从中国9个省份的已免疫鸡场中分离到了42株H9N2亚型AIV,其HA基因的核苷酸相似性为86.7-99.7%,与经典疫苗株的相似性为88.6-92.6%。与近年NCBI流感数据库中新增410株中国分离株HA序列和306株全基因序列比较发现:中国H9N2亚型禽流感病毒流行株有99.1%属于h9.4.2分支,其中99.3%为h9.4.2.5分支,98.2%的毒株HA基因出现了与人受体结合相关的Q226L突变;96.8%的病毒在NA茎部出现了与毒力增强相关的63-65位点三个氨基酸缺失;97.1%的毒株M2蛋白发生了与金刚烷等药物抗性相关的S31N突变。有两株分离株与201 3年人源H9病毒基因组序列高度同源。基因型S是主基因型,占92.8%;基因型V、W为新重组型,其中基因型W整合了来源于新的野生水禽谱系的PB2基因。新分离株分为3个抗原群,在HA基因进化及毒株分离时间上呈现A群→B群→C群的先后关系,且无地域差异。