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本文以青海大学高原花卉研究中心培育的9个万寿菊雄性不育两用系为材料，从形态学标记、生化标记及分子标记三个方面进行遗传差异性分析。主要结论如下：(1)9个雄性不育两用系的不育株与可育株间具有较丰富的遗传多样性。万寿菊雄性不育两用系中，其株高可育株高于不育株、花径可育株明显大于不育株、花朵数不育株多于可育株、一级分枝数一般不育株多于可育株，但两者相差不明显、冠幅可育株与不育株无显著差异、不育株的始花期晚于可育株2～3天、可育株单花花期长于不育株。形态学性状聚类结果表明，9个两用系可分为三大类，不育株与可育株被明显聚为2大类。(2)9个雄性不育两用系的生化多样性研究结果表明，不论不育株还是可育株,随着花蕾的发育,可溶性糖含量逐渐增加,到花朵盛开时含量达到最大值；花蕾发育各时期,不育株的可溶性糖含量均高于可育株；但均表现出叶片中的可溶性糖含量低于花蕾和花朵中的含量。从现蕾到盛花期,不育株和可育株可溶性蛋白质含量随着花蕾的发育呈现降低-增加-降低的趋势；小花蕾时的可溶性蛋白质含量最高，花朵盛开时的可溶性蛋白质含量最低；叶片内可溶性蛋白质含量高于花蕾及花朵；不育株和可育株在发育各期的可溶性蛋白质含量差异不显著，但不育株可溶性蛋白质含量稍高于可育株。因此可溶性糖和可溶性蛋白质含量可以作为育性鉴定指标。（3）利用单因素试验和正交试验设计对Mg2+、 dNTPs、引物和Taq酶浓度进行筛选，在此基础上筛选模板DNA浓度及ISSR引物，并对引物退火温度进行梯度检测，通过优化建立ISSR-PCR反应体系。从100条ISSR引物中筛选出15条引物，用筛选出的引物对9个万寿菊雄性不育两用系的不育株与可育株进行ISSR遗传多样性检测。共扩增出169条谱带，其中多态性谱带为148条，多态性率为87.6%，表明万寿菊雄性不育两用系多态性较高，遗传变异大，具有丰富的遗传多样性。用PopGen32软件分析9个万寿菊雄性不育两用系遗传变异，发现万寿菊雄性不育两用系总遗传多样度(Ht)为0.2921，遗传分化系数(Gst)为1.0000。用NTSYSpc软件计算万寿菊两用系间的Jaccard遗传相似系数，共获得153个两两不同系间的遗传相似系数，9个万寿菊雄性不育两用系相似系数在0.4375以上，最高为1.0000(2-2重瓣不育系与2-2单瓣不育系之间)。通过对9个两用系的聚类分析表明，可以聚为四大类，两用系之间遗传差异显著，不育株和可育株间无显著差异。