陆地棉RIL群体遗传图谱构建及纤维品质性状QTL定位

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棉花是世界上重要的经济作物之一,棉纤维是重要的纺织工业原料,是人们衣被和日用纺织品的主要原料。随着人们衣着水平的提高,对棉花纤维品质提出了更高的要求:如高强度纤维,多种长度与细度纤维。本研究以具有广泛适应性和增产潜力的陆地棉推广品种鲁棉研28和具有优质纤维特性的陆地棉推广品种新陆早24号作为亲本材料,构建了包含231个家系的F6:8重组自交系群体,并利用棉花80K芯片开发的SNP标记结合SSR标记进行遗传图谱的构建,采用复合区间作图法对纤维品质性状进行QTL检测,这些工作的完成将对棉花分子标记辅助选择育种、候选基因的功能研究具有重要作用。本研究采用了9环境的纤维品质性状进行数据统计分析。描述性统计分析表明,这些性状的偏斜系数的绝对值均小于1,符合正态分布,服从数量性状受微效多基因控制的特点。相关性分析显示,纤维长度与纤维强度呈显著或极显著正相关;马克隆值与纤维长度、纤维强度呈显著或极显著负相关,这说明纤维长度和纤维强度可以同步改良,纤维长度与马克隆值同步改良比较困难。利用棉花的80K芯片进行亲本及其RIL群体的基因分型,共筛选得到5202个多态性标记位点。利用9668个SSR引物进行亲本间的多态性筛选,共获得187个多态性标记用于群体的基因型检测,得到193个标记位点,筛选后得到122个SSR标记位点。利用High Map软件对5202个SNP标记和122个SSR标记位点进行连锁分析,构建了包含4851个标记位点的遗传图谱,其中有4729个SNP标记位点和122个SSR标记位点,分布于26条染色体上。该图谱总的遗传距离为2477.99 c M,标记间平均遗传距离为0.51 c M。在这些连锁群中,标记数最多的连锁群含481个标记(chr08),标记数最少的含有19个SNP标记(chr17)。在A亚组中共3300个标记,总遗传距离为1474.63 c M,标记间的平均遗传距离为0.45 c M;D亚组中共1551个标记的总遗传距离为1003.36 c M,标记间的平均遗传距离为0.65 c M。利用Windows QTL Cartographer 2.5软件采用复合区间作图法对2013-2016年共9个环境的纤维品质数据进行QTL检测。共检测到与纤维品质相关的QTL 232个,其中至少在两个环境中能检测到的QTL共39个:7个与FL有关,10个与FS有关,15个与FM有关,3个与FU有关,4个与FE有关。通过与前人的相关研究结果比较,发现共有94个QTL与前人的研究结果一致,其余的QTL可能都是新的QTL,其中有19个是至少在两个环境中能检测到的QTL。在本研究中共有106个QTL成簇分布在20条染色体的45个QTL簇上。其中由多个稳定的QTL构成的QTL簇主要有cluster-chr07-2、cluster-chr11-3、cluster-chr13-1、cluster-chr16-3、cluster-chr19-1、cluster-chr24-3。通过比较发现有9个cluster与前人的研究结果相一致,即cluster-chr05-2、cluster-chr07-1、cluster-chr07-2、cluster-chr13-3、cluster-chr13-4、cluster-chr15-2、cluster-chr15-3、cluster-chr20-2、cluster-chr24-1,其余的可能是新的cluster。这些分布于染色体上的QTL簇,尤其是由多个稳定QTL构成的QTL簇的相关区域,对于功能基因的挖掘,分子辅助育种等具有重要意义。
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