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唐古特大黄,蓼科大黄属多年生高大草本植物,野生资源主要分布于平均海拔3000-4000 m以上的果洛地区。近年来因市场需求量过大,野生资源过度采挖,生境破碎化趋于严重,唐古特大黄野生资源已处于易危等级。本研究利用matK+rbc L条形码和RAPD分子标记分析了唐古特大黄遗传多样性和遗传结构等特征,得到以下结论:1.基于高通量测序技术构建唐古特大黄叶绿体全基因组图谱,唐古特大黄叶绿体全基因组长为161 054 bp,包括长为86 441 bp的大单拷贝区(LSC),长为12745 bp的小单拷贝区(SSC)和长均为30 934 bp的反向重复序列A(IRA)和反向重复序列B(IRB)。唐古特大黄叶绿体全基因组共包含164个基因,分为111个蛋白编码基因,45个转运RNA基因,8个核糖体RNA基因三类。2.从唐古特大黄叶绿体全基因组中挑选matK+rbcL联合条形码对唐古特大黄36个种群180个个体进行分析,得到1 634 bp片段长度,共产生10种单倍型,民和峡门3种群(MH XM3)单倍型多样性最高,大通桦林镇(DT HLZ)、互助五峰(HZ WF)等25个种群倍型多样性最低。AMOVA分析结果表明61.77%的遗传变异发生在种群间,38.23%发生在种群内,遗传分化主要存在于种群间,且单倍型网状分析和系统发育树分析均表明唐古特大黄种内存在着深度的遗传分化,从错配分布结果来看唐古特大黄在进化过程中较为稳定,没有经历过任何的种群扩张。3.基于RAPD法筛选了7条引物对青海唐古特大黄27个种群135个个体进行分析,得到79.32%的多态性条带,甘德青珍山(GD QZS)种群观测等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、期望杂合度(He)和Shinnon信息指数均最高,民和峡门4(MH XM4)种群各项遗传多样性参数均最低。统计所有变异位点,得到唐古特大黄种群间遗传多样性(Ht)和种群内遗传多样性(Hs)分别为0.1837和0.0144,AMOVA结果表明81.30%的遗传变异发生在种群间,18.70%发生在种群内,说明总的遗传变异主要存在于种群间,且民和峡门3(MH XM3)和互助台子乡(HZ TZX)种群间的遗传差异最大,玛沁往达日1(MQ WDR1)和达日出莫坝尔(DR CMBE)种群间的遗传差异最小。