人多瘤病毒实时荧光定量PCR检测方法的建立及临床研究

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应用巢式PCR和TaqMan探针实时荧光定量PCR方法检测人类多瘤病毒KIPyV和WUPyV基因,并对扩增产物进行序列分析,比较两种检测方法,以期建立一种快速、特异、灵敏的标准SOP;建立灵敏性高,可重复性、特异性好的SV40、JCV、BKV、MCPyV、HPyV6、HPyV7、TSPyV、HPyV9的TaqMan探针实时荧光定量PCR检测方法,并初步应用于200例北京地区呼吸道感染儿童的NPA (Nasopharyngea Aspirates)检测,对扩增产物进行序列分析。同时,了解北京地区急性呼吸道感染患儿的人多瘤病毒感染状况。为疾病的预防与控制提供基础的科研资料。结果显示:KIPyV和WUPyV巢式PCR的检测灵敏性为500copies/μL,检测其他呼吸道病毒没有阳性扩增,说明特异性较好。TaqMan探针实时荧光定量PCR在灵敏性为1~10copies/μL,检测范围为100~1010copies/μL,R2大于等于0.99,说明线性相关性良好。可重复性检测KIPyV和WUPyV的CV值分别均小于2.9%和1.95%,特异性检测时,检测其他病毒时没有出现阳性扩增曲线。以不同浓度梯度的质粒标准品为模板,按既定反应体系和反应条件进行实时荧光定量PCR扩增,检测灵敏度JCV可达10copies/μL,MCPyV可达1copies/μL, HPyV6可达1copies/μL,线性范围可达JCV101~1010copies/μL, MCPyV和HPyV6100~1010copies/μL阴性对照无特异性扩增信号。R2均大于0.99,说明线性良好。可重复性检测MCPyV、JCV、HPyV6的CV值分别均小于0.79%、0.62%、0.67%,特异性检测时,检测其他病毒时没有出现阳性扩增曲线。在检出的5种多瘤病毒的序列与NCBI的序列的同源性在98%-100%。本研究对北京地区急性呼吸道感染儿童标本进行了探索性基因检测和基因分析,证实了该地区呼吸道感染患儿中存在至少存在1种早前发现的人多瘤病毒JCV和至少有4种新的人多瘤病毒KIPyV WUPyV、MCPyV、HPyV6的感染。200例急性呼吸道感染儿童中JCV、KIPyV、WUPyV、MCPyV、HPyV6的阳性检出率分别为0.5%、12%、14%、9%、0.5%。本研究初步建立了一种灵敏性、可重复性好、特异性高的快速核酸检测方法,其在临床上有较好的应用前景。2011年10月到2012年1月秋冬季,感染人多瘤病毒KIPyV、WUPyV、MCPyV主要发生在11月下旬到12月中旬。KIPyV、WUPyV、MCPyV感染病例主要是3岁以下儿童,性别无明显差异。KIPyV、WUPyV、MCPyV、JCV、HPyV6感染儿童的临床诊断包括小叶性支气管炎、急性支气管肺炎,支气管肺炎、新生儿肺炎、急性肠胃炎、川崎病、呼吸道合胞病毒肺炎,小叶性支气管炎居多。KIPyV混合感染率为54%(13/24),WUPyV混合感染率为41%(15/28)。MCPyV混合感染率为67%(12/18),混合感染RSV的为47%(29/62),混合感染RSV最常见。
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