系统发生生物地理学(phylogeography)是从系统发育角度来研究基因系谱（尤其是种内和近缘种间）地理格局、历史演化以及形成的原理和过程的科学。　　对系统发生生物地理学做了较详细介绍。首先，阐述了涉及到的理论基础，例如常见的核算替换模型、分子钟模型、连续时间马尔科夫链模型等。其次，介绍了进行分析的贝叶斯方法和BEAST软件。此外，还分析了系统发生生物地理学与系统发育分析的关系。　　分别使用23株结核分枝杆菌数据和59株来自中国的H7N9禽流感病毒数据，进行系统发生生物地理学分析，估算了它们的分化时间和分子钟速率，构建了含有时间、地理信息的系统发育树，并动态展示它们随时间变化的传播过程。对结核分枝杆菌的基因组分析发现分化出结核分枝杆菌的时间中值约在3万年前，从非洲和中国开始传播至其他地方。对H7N9禽流感病毒血凝素基因分析发现，2013年中国爆发的禽流感从上海开始传播，并在不同省市之间来回交叉传播。结果证明系统发生生物地理学分析可以应用于细菌和病毒的遗传与进化分析上，且分析方法较为可靠。系统发生生物地理学分析可以应用于病原菌爆发的溯源分析，还可以用于研究病原菌的历史传播过程等。　　总结了系统发生生物地理学分析在细菌和病毒基因组上应用的方法和注意点，比如给出了几种选择合适模型的方法，还通过比较时间单位的设置对结果的影响来表明时间单位为“年”是合适的等，给出了进行系统发生生物地理学分析应用的指导。