近年来,随着市场经济的快速发展,企业实施的项目越来越多,项目的复杂程度、技术要求越来越高。在企业的正常运转过程中存在着多项目、多任务并行的情况,这些问题给传统的项目管理理念带来了冲击。企业在实施多个项目时,不可避免地会遇到各种类型的冲突,而资源冲突对项目的平稳顺利运行影响最大。因此,在复杂的多项目管理环境下,传统的项目资源管理模式已经不能完全满足现代复杂多项目管理的需要。对于多项目资源冲突管理的研究已经成为多项目管理研究领域的热点。针对多项目资源冲突这一问题,本文以复杂系统理论、复杂适应系统理论为指导,结合复杂系统建模技术,构建了多项目资源冲突协同模型和给出了多项目资源冲突数学解决方法。根据复杂系统理论和复杂适应系统的特征及核心要素,总结出了多项目管理的自组织、动态演化的特点,并从外部、内部两个方面研究了多项目管理的复杂性。然后以多项目资源为对象,分析了项目资源的类型及项目资源配置方法。为了更好地解决多项目资源协同分配问题,本文根据复杂系统建模理论,从外部层、用户层、项目层、职能部门层、战略管理层五个角度分析并建立了多项目资源冲突的协同模型。在多项目资源冲突协同模型下,为了解决多项目资源分配解空间较大,难以寻优的问题,本文提出了一种改进遗传算法。通过应用测试函数对改进遗传算法与标准遗传算法进行比较,验证了改进遗传算法的有效性。结合南通经济技术开发区电子政务工程建设的实际案例,本文应用多项目资源冲突协同模型以及数学解决方法,优化了南通经济技术开发区电子政务工程中资源分配的问题,取得良好的优化效果。