在企业自主创新的过程中,世界各国普遍实施了各种各样的税收激励措施,这既是现实的需要也存在理论的基础。西方经济学家熊彼特、索洛、缪尔森、奈尔森、阿罗等都对这个问题从不同的角度进行了深入的研究,先后涌现出有关企业创新研究的新古典经济学派、新熊彼特学派、国际创新体系学派等。美国经济学家奈尔森和阿罗(Nelson,1959;Arrow,1962)最早将市场失灵理论运用于技术创新研究,他们认为在技术创新领域中存在着“市场失灵”现象。因此存在政府支持创新的制度、政策基础,尤其需要政府通过构建税收激励机制促进企业技术创新。而新古典经济学家认为,在技术创新过程中之所以存在着市场失灵,根源在于技术创新的三个重要特征:创新收益的外部性、创新过程的不可分割性和不确定性。正是技术创新的这些特征为政府介入企业技术创新,也就是为制定运用支持企业技术创新的税收制度的政策提供了理论基础。政府干预旨在减少社会收益和私人收益之间的差距,矫正市场失灵。近年来国外对这一问题的研究更加活跃,大多都在经济增长的框架内分析创新活动的水平和意义。在新古典增长框架中税收政策的意义有限。20世纪80年代中期兴起的内生增长理论突破了新古典增长模型的假定,将技术创新活动视为内生,意味着一国政府能够利用税收政策影响本国的R&D水平、人力资本积累以及企业管理行为,以刺激创新活动,推动经济增长。经济体制改革以来,我国经济理论界对企业自主创新与税收激励机制问题也进行了研究,尤其是1994年税制改革后,这一问题已成为财税理论界和业务部门研究的重要课题,研究的焦点同样是集中在政府税收优惠政策对于我国企业创新的激励效应方面。研究的思路大致可以归为两类,第一类是通过国际比较分析我国与工业化国家相比,税收优惠政策在会计处理方面的差异所导致的对于企业创新激励的不同。第二类研究是利用统计回归的方法,在“创新”生产函数的模型里分析税收政策对于自主研发影响的显著性。两类研究思路得出的结论基本一致,我国当前税收优惠政策对于企业创新激励作用有限。自十六届五中全会审议通过的《中共中央关于制定国民经济和社会发展第十一个五年规划的建议》要求“实行支持自主创新的财税、金融和政府采购政策”以来,我国经济理论界对企业创新发展的税收激励机制问题的研究开始进入到一个新的阶段。创新作为一种具有高回报、外溢性特点的社会实践活动,往往伴随着的是高风险、需要的是高投入,对这种社会实践活动实行支持、鼓励的税收优惠政策是税收分配的本质要求,但实行支持企业自主创新的税收优惠政策首先需要澄清一些认识上的问题:自主创新≠科技创新(技术创新),支持企业自主创新的税收优惠政策≠现行的科技税收优惠政策。其次需要针对现行科技税收优惠政策存在的问题进行“整合”,整合的思路是:突出企业在自主创新中的核心地位,优化科技税收优惠政策的税种结构,实现由以直接优惠为主向以间接优惠为主的模式转变,搭建促进企业自主创新的公平的税收政策平台,推进企业所得税优惠政策以“普惠制”取代“特惠制”,构建以企业研发活动为核心的科技税收优惠政策体系;然后在“整合”的基础上进行“对接”,所谓“对接”,其实也就是支持企业自主创新的税收优惠政策体系框架与整合后的现行科技税收优惠政策进行“协调”、“衔接”,让现行的科技税收优惠政策在支持企业自主创新方面充分发挥应有的作用。最后构建起支持企业自主创新的税收优惠政策体系,这可以说是一项十分庞大的社会系统工程。笔者认为,对这一工程的开发、建设不可能一蹴而就,需要从方方面面进行。总的基本思路应该是:借鉴国外支持企业自主创新税收优惠政策的成功经验,根据我国的具体国情,在明确运用税收优惠政策支持企业自主创新的指导思想下,按照我国企业自主创新发展的实际状况,在与现行科技税收优惠政策“对接”的基础上,重点制定出一套科学合理的税收优惠政策措施。由国家立法部门尽快制定《支持企业自主创新基本法》,在基本法中应明确规定税收政策优惠的对象、目标、原则、方式、措施、范围以及审批程序等,以使国家运用税收政策手段支持企业自主创新有法可依;然后根据基本法的要求由国家财政部和税务总局等有关部门制定支持企业自主创新的税收优惠政策。其基本思路是:在进一步落实国家关于促进企业技术创新、加速科技成果转化以及设备更新等各项税收优惠政策的基础上,积极支持和鼓励企业开发新产品、新工艺和新技术,加大企业研究开发投入的税前扣除等优惠政策的力度,结合企业所得税和企业财务制度改革,鼓励企业建立技术研究开发专项资金制度,允许企业研究开发的仪器设备加速折旧,支持企业购买先进科研仪器和设备等。同时还应在全面贯彻落实《中小企业促进法》的基础上制定扶持中小企业自主创新的税收优惠政策。