本研究利用2003年6月和2006年6月在长江口及邻近海域进行的两次大面调查所采集的浮游动物样品,对研究水域的浮游动物的种类组成、丰度和优势种进行了探讨;对长江口及其邻近水域的生物量和生产力及其分布进行了研究;采用多元统计方法分析了该水域浮游动物的群落结构和生物多样性;探讨了浮游动物群落与环境因子间的关系,以期为该水域浮游动物的长期变化研究提供基础资料。研究结果表明,长江口及邻近海域浮游动物种类比较丰富,两个航次共计鉴定各类浮游动物383种、浮游幼虫34个种类,合计417个种类。其中,浮游动物成体分别隶属于原生动物门、刺胞动物门、栉水母动物门、环节动物门、软体动物门、节肢动物门、毛颚动物门和尾索动物门等8个门类。甲壳动物和刺胞动物等为浮游动物的主要类群。浮游甲壳动物的种类数量占到总种数的一半以上,桡足类是其主要类群。2003年6月航次,调查海域浮游动物的平均丰度为323.650 ind/m3,在杭州湾口两侧各有一高值区;2006年6月航次,丰度的分布呈北高南低、东高西低的趋势,调查海域浮游动物的平均丰度为864.760 ind/m3。中华哲水蚤是研究水域最重要的优势种。2003年6月,调查海域浮游动物生物量呈南高北低的分布趋势,平均生物量为44.018 mgC/m3,生物量高值区主要位于浙江东北部外海水域。生产力平均值为2.023 mgC/m3.d,浮游动物日周转率dPc′/Bc的变化范围为0.023-0.075,平均值为0.049;2006年6月,平均生物量为62.141 mgC/m3,峰值区位于舟山群岛东北水域和测区东北部水域。生产力平均值为3.240 mgC/m3.d,浮游动物日周转率dPc′/Bc的变化范围为0.032-0.087,平均值为0.057。浮游动物日周转率与环境温度呈显著正相关关系。长江口及邻近水域可以划分为5个群落。除群落Ⅰ为淡水群落,优势种有汤匙华哲水蚤(Sinocalanus dorrii)和中华华哲水蚤(S. sinensis)等;群落Ⅱ属于南、北黄海中央水域群落,优势种有中华哲水蚤(Calanus sinicus)、近缘大眼剑水蚤(Corycaeus affinis)、平大眼剑水蚤(C. dahli)和中华箭虫(Sagitta sinica)等;群落Ⅲ、Ⅳ可与长江口外围和浙江沿岸水域群落相对应,其中的群落Ⅲ位于长江口河口区,表现出明显的半咸水群落性质,该群落优势种为:贝氏拟线水母(Nemopsis bachei)、真刺唇角水蚤(Labidocera euchaeta)、火腿许水蚤(Schmackeria poplesia)等,群落Ⅳ的优势种为:中华哲水蚤和中华箭虫等;群落V属于受暖流影响显著的东海水域群落,优势种为:肥胖三角溞（Evadne tergestina)、中华哲水蚤、平滑真刺水蚤(Euchaeta plana)、精致真刺水蚤(E. concinna)和中华箭虫等。从浮游动物分布和环境因子关系分析看,影响浮游动物分布的主要非生物因子为盐度。研究水域浮游动物生物多样性比较高。2003年6月,调查海区浮游动物的香农-威纳多样性指数平均值为2.53,均匀度为0.53,丰富度为5.47;2006年6月调查海区的浮游动物香农-威纳指数平均值为2.79,均匀度为0.49,丰富度9.57。