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选取10条随机引物对皖北黄牛进行随机扩增多态DNA(RAPD)分析，并根据带纹相似率作了亲缘关系聚类。实验共采集31头皖北黄牛的耳组织样，采用高盐与氯仿结合的快速抽提法提取基因组DNA，结果从0.02~0.05g的组织样中提取量多数达到150~300μg。建立了RAPD-PCR的反应体系，10条RAPD引物筛选到4条随机引物可以得到稳定的扩增产物，其中仅有1条引物的扩增产物表现为单态，3条引物的扩增产物具有多态性。利用能够产生多态性的引物对样本群体进行RAPD和类平均聚类分析，共得到清晰的带纹382条、扩增片段有19种，平均每个引物每一个体扩增带纹4.04条，所获得的标记数为4~7个，标记分子大小范围为0.25~2.00 kb，各条带出现的比例为0.1613~1.000；其中，引物S431、S425和S40分别得到9、6和4种扩增带纹以及5、4和3种多态标记带，共有200条为多态带纹，多态性扩增片段的百分比为52.36%。据此计算了3个多态性引物对于每两个个体之间的带纹相似率、平均带纹相似率（0.69、0.67和0.87，总平均0.75）、带纹的平均等位基因频率（0.47、0.50和0.74，总平均0.57）、平均带纹杂合度（0.68、0.63和0.36，总平均为0.55）及遗传多样性指数（0.9875、0.6427和0.1925）；根据31个个体间的平均带纹相似率而作的聚类分析显示，两两个体间的遗传距离范围为1.97~14.5。结果表明：1. 在秦川牛、云南和贵州的黄牛品种中10条多态性随机引物已被文献证明是可靠的，在皖北黄牛的RAPD-PCR中却只有4条引物能够完全扩增出产物，其中引物S1043扩增产物属于单态，说明皖北黄牛与这三个品种之间存在较大的遗传差异。2. 从BSR、q、H和Shannon遗传多样性指数上来看，在3条多态性引物中S431反映的遗传变异信息最大，产物的带纹最多，多态性较好；S40反映的遗传变异信息最小。BSR、q、H及H0的平均值分别为0.75、0.57、0.55和0.61，说明RAPD产物在整体上反映样本个体间基因杂合度较高，群体内具有一定的遗传变异。3. 亲缘关系的聚类结果表明，个体间的带纹相似率参差不齐，但除个别个体外，各个体间的距离都很近。大部分个体遗传距离均在3.5~5.5之间，也显示该样本群体的遗传距离在一定的范围内分布较为均匀。此外，本文还就RAPD技术在家畜遗传育种中的应用和目前肉牛QTL定位及基因组的研究现状，探讨了RAPD在未来中国黄牛育种和保种中的应用前景。