大学是国家人才储备和供给的保障,中国近现代大学的内部组织结构从清末开始,经过一百多年的发展,已经形成稳定的“校、院、系”组织结构模式。我国研究型大学组织结构变革的影响因素和发展趋势是多维的,在建设“双一流”的新形势下,应充分把握大学组织结构变革的整体样态,加快改革,以促进社会发展和经济体制转型。通过对欧美和我国大学组织结构发展的历史梳理,反观国内大学组织结构的发展,深入剖析我国研究型大学组织结构变革的内外部因素,以及对权力配置、知识传递和环境交互产生的作用,理清我国研究型大学组织结构变革遵循的价值取向和所表现的特征,发现大学组织结构变革呈现由保守到开放,由被动到主动,由简单到复杂的整体发展趋势,并结合我国大学“去行政化”和建设“双一流”的大背景,对当下我国研究型大学组织结构变革的现状进行分析,进一步阐释我国研究型大学组织结构扁平化、组织权力学术化和运行自主化的趋向。我国研究型大学组织结构的变革要从大学组织的公共性与公共定位着手,恢复大学教育的公共理性,使得大学组织从“务实”转向“虚实结合”,才可以从根本上优化我国研究型大学的内部组织结构。