【摘 要】
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慢生单胞菌为分离自海洋沉积物中的捕食性细菌类群,其分离工作的难度较高,因此对于该类群检测方法的研究,对确定其在环境中的分布情况以及与其他类群相关关系分析有着重要意义。本研究针对慢生单胞菌目设计出了特异性的寡核苷酸探针,并通过纯培养菌株实验对其严谨性及覆盖度进行了验证。根据探针序列设计并合成一对荧光定量PCR引物。实验验证发现所设计出的寡核苷酸探针可以与目前已培养的所有慢生单胞菌物种进行杂交,同时与
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慢生单胞菌为分离自海洋沉积物中的捕食性细菌类群,其分离工作的难度较高,因此对于该类群检测方法的研究,对确定其在环境中的分布情况以及与其他类群相关关系分析有着重要意义。本研究针对慢生单胞菌目设计出了特异性的寡核苷酸探针,并通过纯培养菌株实验对其严谨性及覆盖度进行了验证。根据探针序列设计并合成一对荧光定量PCR引物。实验验证发现所设计出的寡核苷酸探针可以与目前已培养的所有慢生单胞菌物种进行杂交,同时与本实验所选择的非目标类群杂交结果为阴性。进而选取了文登盐场5个不同盐度梯度的盐池以及运城盐湖6个盐池的沉积物样品作为研究对象,使用16S rRNA基因序列扩增子测序、qPCR以及荧光原位杂交三种方法对样品中的慢生单胞菌目丰度进行分析。通过16S rRNA基因扩增子测序检测,在所有盐湖及盐场的沉积物样品中都检测到了慢生单胞菌目的存在,共注释出属于慢生单胞菌目的91个OTU,其中文登盐场沉积物中独有的OTU有49个,运城盐湖沉积物中独有的OTU有15个,慢生单胞菌目在文登盐场平均相对丰度为0.81%,在运城盐湖所有沉积物样品中的平均相对丰度为0.16%。通过qPCR对样品中细菌16S rDNA序列拷贝数及慢生单胞菌目16S rDNA序列拷贝数进行测量,测得慢生单胞菌目16S rDNA基因的相对丰度为0.07%~8.30%。通过荧光原位杂交的方式在文登盐场的沉积物样品中观察到了慢生单胞菌目的细胞类群,然而由于杂交成功的慢生单胞菌目在视野中的分布较不均匀,且数量较少,没能对慢生单胞菌目类群进行明确的计数。本课题针对文登盐场及运城盐湖的细菌群落与理化因子进行了分析,发现沉积物样品的细菌多样性要远远高于水样,在各样品中Proteobacteria和 Bacteroidetes都为主要的优势门,同时Euryachaeota、Halanaerobiaeota、 Verrucomicrobia和Actinobacteria在部分盐池中有相对较高的丰度。水样及沉积物的盐度及离子浓度等多种理化因子对群落结构都有着重要的影响。通过构建沉积物和水样的分子生态网络分析,沉积物中的网络结构要明显比水样中的网络结构复杂。网络结构中的关键节点主要分布于Proteobacteria、Bactetroidees、Actinobacteria及Firmicutes,很多关键节点在地球的元素循环中有着重要的作用。此外,本文对两株潜在新菌进行了多相分类研究,包括系统发育学、基因组学、表型特征和化学分类学等手段,确定了菌株1KV19T和KN1008T的分类地位。菌株1KV19T代表了Lutibacter属中的一个新物种,建议命名为柠檬色淤泥杆菌(Lutibacter citreus sp.nov.),模式菌株为1KV19T(=KCTC 62595T=MCCC 1H00307T)。菌株KN1008T代表了Gramella属中的一个新物种,建议命名为海滨革兰氏菌(Grarrellalitoralis sp.nov.)。模式菌株为KN1008T(=KCTC62961T=MCCC 1H00279T)。
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