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桃小食心虫Carposina sasakii(Matsumura)又名桃蛀果蛾,属鳞翅目Lepidoptera蛀果蛾科Carposinidae,是我国果树生产中为害最严重的蛀果类害虫之一。迄今,有关桃小食心虫是否存在寄主相关性遗传分化尚有待证实,且该害虫在我国不同地理种群间的遗传结构尚不清楚。为此,本研究利用开发获得的微卫星分子标记和已经报道的线粒体细胞色素氧化酶亚基I(COXI)基因两种分子标记探究了桃小食心虫在我国主要发生区的寄主相关性种群和地理种群的遗传结构,并分析了影响遗传结构的因素。主要研究结果如下:(1)桃小食心虫微卫星标记开发利用Illumina Miseq高通量测序平台对桃小食心虫进行基因组测序,获得4.70 GB原始测序数据,组装得到479 Mb基因组随机序列。基于桃小食心虫基因组随机序列搜索得到95,153个微卫星位点,其中重复单元为2碱基的数量最多(57.34%)。挑选了64个位点进行初步扩增效果和多态性分析,有35个位点表现较好。利用来自北京和湖北的2个桃小食心虫种群(63个个体)对35个微卫星位点进行遗传多样性检验,发现微卫星位点等位基因数量范围为2~9个,平均数为4.60个,多态性信息含量为0.075~0.696,平均为0.407,观测杂合度和期望杂合度分别为0.000~0.677和0.062~0.771。中性检验结果表明35个微卫星位点均为中性位点。在北京种群中,有2个位点(CS31和CS33)之间有显著的连锁不平衡,另有5个位点(CS05、CS17、CS21、CS29和CS82)在北京和湖北种群中均显著偏离哈迪温伯格平衡。(2)桃小食心虫种群遗传结构及其影响因素选取19个微卫星标记和1个线粒体COXI基因序列对7个寄主相关性种群和9个地理种群的363个桃小食心虫样本进行了分析。基于两种分子标记,BAPS、STRUCTURE和DAPC均将北京地区的7个寄主相关性种群分为1个簇。据此,桃小食心虫寄主相关性种群间无明显遗传分化。两种分子标记数据分析均发现,北京地区的7个寄主相关性种群遗传分化水平与地理距离和环境差异之间没有相关性。基于微卫星数据,BAPS将9个地理种群分为北部、南部和东北部3个簇。其中,北部簇包含7个地理种群(分布于山东省、山西省、宁夏回族自治区、北京市、辽宁省)的绝大多数个体,南部和东北部簇分别包含HBYCM(湖北省宜昌市)和HLHEP(黑龙江省哈尔滨市)种群。微卫星和线粒体数据均表明,桃小食心虫在地理种群间存在较强遗传分化。基于微卫星数据分析发现,桃小食心虫地理种群遗传分化与地理距离和环境差异呈显著正相关。SPLITSTREE将桃小食心虫35个单倍型分为4个支系。分子分化时间推测,最早的单倍型分化时间约在1.02百万年。用近贝叶斯的方法进行推断,发现该害虫起源于我国南方地区,在末次冰盛期前由南向北扩散。地理阻隔和历史事件对桃小食心虫遗传结构产生较大影响,同时环境因子的作用也不容忽视。通过本论文研究,测定了桃小食心虫基因组随机序列,开发获得了该害虫的微卫星标记,并明确了其在我国主要发生区的种群遗传结构及其影响因素。这不但对于明确我国桃小食心虫寄主相关性遗传分化与地理种群结构及形成因素具有理论意义,而且可为该害虫治理措施的制定提供科学指导。