目的:本论文从投入、产出和效率三个角度对我国现行区域划分（东、中、西部）和按经济发展水平聚类区域划分（经济从高到低依次划分为四类区域）两种情况下的基本医疗卫生服务区域差距情况进行分析，为缩小基本医疗卫生服务区域差距提供政策建议。　　方法:(1)运用基尼系数、泰尔指数分析基本医疗卫生服务投入、产出的区域差距情况;(2)选取经济发展水平相关指标，应用聚类分析法对我国31个省（市、自治区）进行区域划分;(3)采用数据包络分析法对基本医疗卫生服务的效率进行评价(4)运用变异系数法对基本医疗卫生服务的效率进行区域差距分析。结果:(1)基本医疗卫生服务投入区域差距分析发现:2002～2011年卫生经费、床位、医师和护士的总体差距均呈减小趋势，其中卫生经费总体差距大于床位、医师和护士总体差距;东、中、西部区域分析发现，每年度东部区域各省际间卫生经费、床位、医师和护士差距均高于中、西部，区域内卫生经费、床位、医师和护士差距大于区域间;一、二、三、四类区域分析发现，十年间二类区域各省际间床位差距高于一、三、四类，2002～2005年三类区域各省际间卫生经费、医师和护士差距高于一、四类，2008～2011年则为一类区域各省际间差距高于三、四类，每年度区域间卫生经费和护士差距基本上大于区域内。　　(2)基本医疗卫生服务产出区域差距分析显示:十年间医院诊疗人次数、医院入院人数、乡镇卫生院诊疗人次数和乡镇卫生院入院人数的总体差距基本呈扩大趋势;东、中、西部区域结果显示，每年度东部区域各省际间医院诊疗人次数和乡镇卫生院诊疗人次数差距大于中、西部，西部区域各省际间医院入院人数和乡镇卫生院入院人数差距大于东、中部，区域内医院诊疗人次数和入院人数、乡镇卫生院诊疗人次数和入院人数差距大于区域间;一、二、三、四类区域结果显示，十年间二类区域各省际间医院诊疗人次数和乡镇卫生院诊疗人次数差距高于一、三、四类，三类区域各省际间医院入院人数差距大于一、二、四类，区域间医院诊疗人次数差距大于区域内，区域内乡镇卫生院诊疗人次数和入院人数差距大于区域间。　　(3)基本医疗卫生服务效率区域差距分析发现:近十年综合效率、规模效率总体差距呈减小趋势，纯技术效率总体差距呈扩大趋势;东、中、西部区域分析发现，十年间三个区域各省际间基本呈纯技术效率差距大于规模效率差距，中部区域省际间纯技术效率差距高于东、西部，东部区域各省际间纯技术效率差距呈减小趋势，中、西部区域省际间呈扩大趋势，三个区域各省际间规模效率差距均呈减小趋势;一、二、三、四类区域分析发现，四个区域各省际间基本呈纯技术效率差距大于规模效率差距，三类区域纯技术效率和规模效率差距均高于一、二、四类，一、三、四类各省间纯技术效率差距呈扩大趋势，而规模效率差距呈减小趋势，二类区域各省际间纯技术效率差距呈减小趋势，而规模效率差距呈扩大趋势。　　结论:(1)医疗卫生资源配置总体及各区域省际间差距均呈减小趋势;(2)按经济发展水平划分的基本医疗卫生服务投入区域差距分解更合理;(3)基本医疗卫生服务产出总体差距及乡镇卫生院各区域差距基本呈扩大趋势且处于差距较大范围;(4)纯技术效率差距是各区域效率差距的主要原因。