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《中华人民共和国药典》历次版本都有收载的麦冬(Ophiopogon japonicus (L.f) Ker-Gawl.)药材是百合科(Liliaceae)沿阶草属(Ophiopogon)的多年生草本植物,其以块根入药,味甘、微苦、微寒,长期以来作为滋阴类中药使用,主要分布于我国四川、浙江等地。本研究采用形态标记、RAMP分子标记及ITS序列分析方法分析川渝两地22份野生麦冬资源及2份栽培麦冬资源的遗传多样性,揭示其遗传基础丰富程度,探讨麦冬野生资源与栽培种之间的亲缘关系,以期为麦冬优良品种的选育及野生麦冬资源的开发利用与保护提供理论依据。主要研究结果如下：1.对24份不同产地麦冬材料的8个主要生物性状进行比较研究,结果显示：不同产地麦冬材料的形态特征之间存在不同程度的变异,其中块根数的变异程度最大,变异最小的是块根长和块根直径。利用主成分分析方法得出块根直径和叶片宽是麦冬植物的特征性状。Q型聚类结果显示：基于麦冬形态特征能将其有效区分且不同产地麦冬的聚类结果与其地理分布无明显相关性。重庆涪陵1号麦冬因与其它样品间存在较大的形态差异而单独聚为一类,其余样品聚为另一个大类。两个栽培种的形态特征相似,差异较小,聚类时聚在一起。2.从50个RAMP分子标记引物组合中筛选出19个引物组合对24个不同产地的麦冬进行PCR扩增,共扩增出235条带,其中223条带呈多态性,占94.9%,供试样品间的遗传相似性系数平均值为0.699,故供试麦冬材料间具有较高的多态性和丰富的遗传多样性(H=0.373)。通过UPGMA聚类法可将其划分为两个大类和4个亚类,不同产地麦冬间的聚类与其地理来源相关性不高,而与形态特征联系密切。按24份麦冬材料的来源地(市级单位)划分为14个居群,分析可知群体总基因多样性Ht=0.369,群体内基因多样性Hs=0.139,即大部分变异发生在种群间：种群内的遗传分化小于种群间(Gst=0.623)；居群间的基因流Nm=0.302,种群发生强烈分化,可能是导致区域遗传分化程度较高的原因。栽培麦冬的遗传多样性较低,遗传变异较小,与野生麦冬之间存在一定的遗传差异。3.对24份不同产地麦冬材料的ITS序列进行分析,结果表明：不同产地麦冬材料的序列长692～707 bp,其中ITS1序列长257～276 bp,ITS2序列长261～273 bp,5.8S rDNA序列区长163～164 bp。各碱基所占比例平均值大小次序为：G(32.6%)>C(31.6%)>A(19.8%)>T(16%),ITS序列G+C所占比例范围为56.2%-68.5%,说明其碱基置换具有倾向性。对位排列后ITS序列总长度为714 bp,变异位点为223,其中简约信息位点为187,自裔位点为36,表明ITS序列能提供丰富的遗传学信息。供试材料的遗传分化距离介于0.001～0.245之间,平均值为0.086。基于ITS序列构建系统发育树,结果显示系统发育树的树枝总长SBL为0.903,24个麦冬材料分为两支,每支各包含12份材料。两个栽培种麦冬与20号麦冬聚为一支,其亲缘关系较近,两个栽培种与除20号以外的其他野生麦冬资源亲缘关系较远。ITS序列和系统发育分析表明麦冬植物在长期的进化过程中发生了一定程度的分化。聚类结果与形态特征有一定关系,而与地理分布相关性不大。