面对复杂多变的市场环境，市场竞争由企业间竞争逐渐转变为供应链间竞争，在这种形势下，提供航运物流相关服务的企业要形成新的竞争优势，必须转变经营思路以及管理方式。构建服务供应链是应对新形势的一种思路，也是目前关注和研究的热点。航运物流服务供应链是一种以整体优化为目标，由服务集成商将网链结构中提供代理、运输、装卸、仓储等功能服务的服务提供商有效地整合起来，共同为客户提供服务的管理模式。航运物流服务企业构建服务供应链的最终目的就是追求供应链协同效应。清晰地掌握航运物流服务供应链协同的形成和演化机理以及运营中的业务和资源配置协同，能够为航运物流服务供应链的构建和实际运营提供理论指导，促进正协同效应的形成。目前，关于服务供应链的研究还没有形成系统，航运物流服务供应链作为其在物流行业的重要分支，理论研究尚处在探索阶段，研究体系还有待完善。因此，论文运用协同理论、复杂适应系统理论，与系统优化的理论、技术及方法相结合，以系统的视角对航运物流服务供应链的协同优化展开研究。论文首先从航运物流服务供应链的涵义出发，并对航运物流服务供应链的构成和特征进行了探讨，为供应链的协同机理研究奠定基础。随后，通过分析航运物流服务供应链协同的内外部动力因素，以及它们相互间的影响机制，明确了供应链协同是内外部动力交互作用的结果。在此基础上，构建航运物流服务供应链的多Agent模型，通过仿真结果分析研究运营中供应链协同的形成机理。航运物流服务供应链属于耗散结构系统，具有自组织特征，用系统状态方程来反应系统变化，结合耗散结构理论和协同学理论，论文研究了系统结构在内外部影响因素推动下的稳定性变化原理，以及系统在序参量起支配作用下的系统自组织演化机理，为理解航运物流服务供应链的协同本质提供了理论支撑。其次，供应链为更好地为客户提供协同一体化的服务，对节点企业间的业务流程进行协同是非常必要的。航运物流服务供应链主要包括航运企业、港口企业以及第三方物流企业等节点企业。这些企业间的业务流程协同实际上是跨组织的业务流程协同，也是业务流程协同的最高层次。为此，论文主要以集装箱出口业务为例，根据各服务提供商之间的业务联系，建立相应的Petri网基础模型。接着构建了跨组织业务流程的协同框架，并运用随机Petri网等价算法对节点企业内部的业务流程进行简化，参与供应链整体业务流程的协同优化，这样不仅可以保证节点企业内部流程的私有性，还可以便于整体业务流程的分析与优化。最后，论文采用基于DSM矩阵编码的遗传算法对跨组织的业务流程进行了优化求解。此外，论文简述了信息共享在供应链业务流程协同过程中的作用。最后，供应链协同的实质就是对供应链资源的集约化使用。在分析资源、能力和活动的关系基础之上，论文明确了航运物流服务供应链资源的构成，从而确定了资源配置协同研究的范围，即节点企业间的资源配置协同。然后，论文从供应链横向和纵向的资源配置协同展开研究。针对横向资源配置协同问题，先建立优化模型，协调供应链横向节点企业间的服务能力，再建立基于提升供应链整体资源使用效率的DEA资源配置模型，对横向节点企业间的可变资源进行协调，确定与服务能力相匹配的狭义资源配置。针对纵向资源配置协同问题，同样建立了优化模型，用来确定纵向节点企业需向供应链提供的服务能力，之后又通过生产函数模型对纵向节点企业间狭义资源的协调配置进行了互补性匹配分析。