高等教育进入大众化阶段之后,我国高校二级学院规模不断扩大,学校纵向放权,管理重心逐步下移,二级学院的办学自主权不断增强。近年来,随着高等教育改革的不断深入与发展,大学的治理重心开始从宏观向微观层面转变,对高校二级学院内部治理结构的优化显得尤为重要。基于此背景,本文选取我国高校二级学院内部治理结构为研究对象,以利益相关者理论、委托代理理论为基础,运用文献研究法、案例研究法、比较研究法以及历史研究法对我国高校二级学院内部治理结构的发展历程和现状进行分析,统计了 90所大学章程核准书,分析得出,目前我国高校二级学院内部治理结构存在大学章程及学院规章制度建设薄弱、党政联席会议制度有待进一步完善、校院两级间的权力分配不均、学院内部党政教之间的权力配置失衡以及学院内部民主参与治理力度不够等问题。究其原因主要体现为传统思想的影响、制度方面的欠缺、管理模式的制约以及个人能力的限制四个方面。通过对比分析美国及我国港台地区部分一流大学学院的内部治理结构,探讨我国高校二级学院内部治理结构的优化策略:即完善以章程为统领的保障制度、优化校院两级间的权力配置、完善二级学院内部权力运行体系、构建二级学院内部权力制衡机制以及摈弃传统官本位思想、培育学院文化精神和氛围,为高校二级学院内部治理结构的完善奠定制度、体系、机制以及文化基础。