2000年以来,我国加大对基础设施的投入力度,水运行业发展迅速,码头建设如火如茶。码头工程建设周期长、投资大、受自然环境影响显著、参与建设主体多等特点,在实际过程中,由于决策不科学、设计不合理、管理跟不上,导致项目的初步设计概算超投资估算,施工图预算超初步设计概算,竣工决算超施工图预算。要杜绝或者减少“三超”现象的发生,最直接有效的方法就是在设计阶段加强对工程造价的控制。造价控制的理论主要：限额理论、价值工程理论、全生命周期、全过程造价管理理论,造价控制的措施主要有开展设计审查工作,在设计招标过程中引入市场化竞争机制等。本文在阅读大量的文献基础上发现,传统造价控制都是从造价自身出发来研究问题。论文提出,从控制效果入手,建立控制评价体系,通过专家的评价及时发现设计过程中存在的问题、分析可能产生的原因、并采取相应的造价控制措施。现代科学评价方法有多种,主要分为层次分析法、模糊评价法,数据包络分析法、灰色综合评价法、人工神经网络评价法等,本文根据水运行业的特点,采用符合码头设计阶段造价控制的评价方法----多层次灰色评估法,建立水运工程造价评价体系,对设计阶段的造价水平进行评估。评估模型建立六大原则：系统性原则、科学性原则、全面性原则、可操作性原则、客观性原则、实用性原则。按照上述原则构建评价模型----码头工程造价评价体系；并根据码头工程的特点,确定评价指标；按照灰色评价对码头工程的各个专业进行造价控制评价,分析影响造价的主要影响因素并采取措施加以控制。最后论文以东莞某码头初步设计为评价对象,按照本文建立的多层次灰色综合评价模型,对造价进行评价,降低投资约2200万,效果显著。期望建立码头的立体控制评价体系,一定程度提高水运行业造价控制水平。