猪的生产性能与人们的日常生活息息相关,因此,对猪的经济性状进行改良一直是实际生产和育种研究中所关注的重要课题。在本研究中,针对具有优秀抗逆性能的中国地方猪品种与生长速度具有优势的西方猪品种以这两大群体作为研究对象,从公开数据库中搜集、下载了66头猪的重测序数据,运用生物信息学方法,对中西方两大群体的猪进行了全基因组水平的比较分析。希望通过本次研究,在基因组水平上揭示造成中西方猪品种不同经济性状的遗传因素,找到导致中国地方猪品种与西方猪品种的表型差异背后的InDel变异,从而筛选一批出与猪的经济性状相关的InDel位点,最终为猪的经济性状改良提供新的分子标记。本研究的主要结果如下:1、在中国地方猪与西方国家猪这两大群体中,从全基因组水平上鉴定发现了200万个InDel突变。InDel在每条染色体上的分布较均匀;绝大多数的In Del为1~3个碱基的插入或缺失;碱基缺失变异(DEL)的数量比碱基插入变异(INS)的数量略多;2、结合基因组选择信号分析,筛选了一批中国地方猪品种与西方猪品种在基因组上由于经历了不同的人工选择而产生的InDel突变;3、在基因的编码区域,对有选择信号的且位于物种保守区域的In Del的相关基因做功能分析,发现这些移码突变的相关基因参与了动物的胚胎发育、生长体尺、免疫系统功能等重要的生物学过程;4、研究整合了ENCODE数据的信息,在基因的调控区发现了位于关键基因的重要的转录调控元件上的InDel突变。本研究初步获得了一批与猪的重要的经济性状相关,特别是与猪的生长及免疫表型有关的基因的InDel,为家猪的分子育种提供了有价值的参考。