近些年来,新三板市场的发展势头如火如荼,自2013年开始挂牌设立到2019年12月已经有8953家企业挂牌成功。但是诸如市场流动性差、投资者数目少、信息披露机制差等问题却接踵而至。因此在2016年6月新三板企业为了解决挂牌企业的流动性等问题实施了分层制度,符合市值、营业收入和利润三大标准的企业进入创新层,不符合的自动归入基础层。进入创新层的企业不管是成长性还是成熟性都高于基础层的企业,它们相较于基础层的企业也会有更多的福利待遇,但是与此同时它们也要遵守严格的治理结构和规定。那么这种治理结构是否合理?是否形同虚设?是否会实现企业的价值?都需要做进一步的研究。所以本文从财务治理结构方面入手,来研究新三板创新层企业财务治理结构对财务绩效的影响。本文从财务治理结构的组成安排出发,也就是财务资本结构层面和财务组织结构层面,阐释了财务治理结构对财务绩效的作用机理。运用2015-2018年83家新三板创新层企业的财务数据,来研究新三板创新层企业财务治理结构对财务绩效的影响。本文首先利用SPSS.20软件对新三板创新层企业的财务绩效从盈利能力、偿债能力、营运能力、发展能力、获现能力和创新能力六个方面共15个指标进行了因子分析,最后提取出六个公因子,并得出了绩效综合得分Y。接下来利用该绩效的综合得分结果Y和Stata.15软件,对财务治理结构和财务绩效做多元回归性分析,最终得出以下结论:新三板创新层企业2015-2018年的绩效得分普遍为负值,且财务绩效逐年有所下降。资本负债率与财务绩效呈显著负相关关系。股权集中度和股权制衡度与财务绩效均呈显著正相关关系。董事会持股比例和高管持股比例均与财务绩效呈显著正相关关系。短期负债比率和监事会人数均与财务绩效关系不显著。针对以上结论本文提出了以下对策:首先要提高企业自身的绩效水平,要同时兼顾盈利能力、偿债能力、营运能力、发展能力、获现能力和创新能力六个方面。其次要优化企业自身的资本结构,且适当提升企业的长期负债比率。再者还要建立相对集中的股权比例,且适当提升独立董事的规模。最后既要有效保证监事会的作用,又要建立合理的经理层激励机制。