我国是一个处方药消费大国。但是，混乱的供应链经营模式给处方药的流通带来了极大的困难。目前，我国处方药流通企业存在着集中度低，药品物流水平落后等问题。在新医改下，整合处方药供应链，建立集成化的流通模式，减少消耗、降低成本就显得得十分迫切和重要。本文从供应链管理和物流集成视角，对处方药供应链物流集成优化进行了深入、全面的研究。本文的主要工作在于：首先，通过实地考察和相关文献阅读，阐明了论文研究背景和意义，提出了论文研究框架和主要内容；针对我国的新医改政策，分析了处方药物流发展现状，以及对中美日三国处方药运作模式进行比较，探寻中国处方药物流运行过程中存在的问题和如何发挥处方药物流作用。其次，对处方药物流集成优化理论进行探讨。对物流集成、供应链管理等相关概念进行了梳理，分析了处方药物流特征、功能和运作模式，阐述了处方药供应链特点、流程以及处方药物流集成机理。再次，从处方药供应链的角度出发，分析了处方药物流集成化服务的需求特征，构建了处方药物流集成服务平台，建立了第三方处方药物流集成提供商主导型供应链模式，探析了处方药物流集成化的实现路径；构建了处方药物流集成化模型，通过遗传算法的引入对模型进行了优化。最后，通过对国药控股公司的仿真数据分析来对处方药物流集成优化模型经行验证，达到了检验以及优化供应链的目的。探析了第三方药品物流服务新模式，探析了新医改下依托全国一体化运营平台、区域物流中心平台的处方药物流集成运作实践；提出了中国处方药物流集成优化建议。