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大刺鳅（Mastacembelus armatus）隶属于硬骨鱼纲(Osteichthyes)合鳃目(Symbranchiformes)刺鳅科(Mastacembelidae)刺鳅属（Mastacembelus），是一种重要的小型经济鱼类。目前，由于生存环境恶化，捕捞过度，野生大刺鳅的数量逐渐减少。因此，大刺鳅的微卫星标记的开发和对南部水系的大刺鳅群体遗传变异的分析，为大刺鳅种质资源的保护和利用及遗传育种提供了理论基础。
采用限制性内切酶Sau3AI对大刺鳅的基因组DNA进行酶切，选择400-900bp范围的DNA片段进行接头连接和扩增，用生物素标记的(CA)15探针富集微卫星片段。将获得的片段与T—载体连接，并转入DH5α大肠杆菌中，通过菌落PCR法筛选阳性克隆，选择符合要求的菌落送生物公司测序。最后获得45个含有微卫星序列的DNA片段，其中，完美型标记有40个，占88.89％;非完美型标记有3个，占6.67％;混合型标记有2个，占4.44％。对侧翼序列足够的微卫星位点设计引物，通过优化PCR反应条件得到9对(M11、M13、M210、MC13、MC14、MC15、MC20、MC22、MD1)能稳定扩增的微卫星引物。使用30个大刺鳅个体对9对微卫星引物进行多态性检测，9对微卫星引物的PIC值都大于0.5，即具有高度多态性。
选择已开发的6对微卫星引物(M13、M210、MC13、MC14、MC15、MC22)对采自中国南部地区的6条水系（澜沧江、韩江、元江、西江、万泉河、昌化江）的大刺鳅种群，每个种群10个个体，进行种群遗传变异分析。研究结果表明:(1)6个微卫星位点一共扩增出了109个等位基因，平均等位基因从5.1667到8.000;平均等位基因丰富度从5.1667到8.000;平均期望杂合度从0.750到0.820。6个大刺鳅种群的遗传多样性均较高。其中韩江、昌化江、澜沧江的大刺鳅种群遗传多样性相对较低;万泉河、元江、西江的大刺鳅种群遗传多样性相对较高。(2)大刺鳅的6个种群的Hardy-Weinberg平衡检测结果显示，每个大刺鳅种群在不同位点都有不同程度偏离遗传平衡。(3)根据成对Fst值、遗传距离(D)、聚类分析、成分因子分析(FCA)和Structure分析，6个大刺鳅种群具有明显的遗传结构，澜沧江、韩江、元江大刺鳅种群间的亲缘关系较近;西江、万泉河、昌化江种群大刺鳅种群的亲缘关系近，其中万泉河与昌化江最近。