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籽用南瓜是一类以生产白瓜籽为主要目的的南瓜的总称,是葫芦科南瓜属中一类经济价值高、营养价值丰富的蔬菜作物。在学术上可将其主要划分为美洲南瓜、印度南瓜和中国南瓜三个栽培种。对籽用南瓜进行遗传多样性研究,有利于对籽用南瓜种质资源进行科学分类和品种鉴定,加快了籽用南瓜品种改良和选育的进程。不同南瓜砧木资源的初步筛选,为后续南瓜砧木品种选育提供了更多的备选材料。本研究利用SCoT分子标记结合形态学标记对44份籽用南瓜材料进行遗传多样性分析和亲缘关系研究;对14份南瓜材料进行西瓜嫁接砧木的初步筛选,所得主要结论如下:(1)供试材料的植物学性状变异系数范围为8.52%-86.29%。其中,瓜形指数最大(86.29%),种子出仁率最小(8.52%)。Shannon多样性指数平均值为3.55,范围在3.37-3.63之间。(2)对供试籽用南瓜材料的50个形态学性状进行R型聚类分析将其分为三大类。各性状间欧氏距离最大的是种喙特征(X28)和种子周缘(X29),为11.2360;除了单种总重和种子千粒重存在显著相关性的两个指标外,欧氏距离最小的是种子千粒重(X49)与种仁质量(X45),为1.1117。(3)基于形态学标记系统聚类将38份籽用南瓜材料分成四大类:第一大类属于印度南瓜群体;第二大类包括31和32两份材料,这两份材料分别属于印度南瓜和美洲南瓜类型;第三大类属于中国南瓜类型;第四大类属于美洲南瓜类型。主成分分析得,第一、二、三主成分的方差贡献率分别为26.53%、11.64%、9.95%,累计方差贡献率为48.12%,将供试材料分为5类,与系统聚类分析结果基本一致。(4)SCoT分子标记中,从62个引物中筛选出多态性好的引物24个,共扩增出有效的DNA位点228个,其中具有多态性的位点有168个,多态位点百分率为73.68%。44份籽用南瓜品种的平均Nei’s基因多样性系数为0.3055,平均Shannon’s信息指数是0.4425。(5)基于SCoT标记进行UPGMA聚类分析将44份籽用南瓜品种分为三大组,第I组为29份美洲南瓜品种,第II组为4份中国南瓜品种,第III组为11份印度南瓜品种。主坐标分析得,第一、二、三主成分的方差贡献率分别为29.21%、8.26%、4.47%,累计方差贡献率为41.94%,将供试材料分为3类,与SCoT分子标记聚类结果一致。(6)在14个不同南瓜砧木与西瓜嫁接的初步筛选试验中得出,适合作西瓜幼苗嫁接砧木的南瓜类型排序,中国南瓜>黑籽南瓜>印度南瓜>美洲南瓜;中国南瓜8号和托克托黑皮窝瓜是本试验初步筛选出的最优砧木。