随着生活水平的提高,人们越来越追求优良的猪肉品质,为了满足人们的需求,培育肉质优良的猪品种至关重要。槐猪是国内有名的脂肪型猪品种,其生长速度缓慢,但肉质优良,口感好；杜洛克猪是国外典型的瘦肉型猪品种,其生长速度快,但肉质不够理想。本研究对杜洛克猪和槐猪的背最长肌进行转录组测序,通过生物信息学分析技术筛选两猪品种的差异表达基因,并进行功能注释和通路富集等分析,从转录组水平上揭示国内外猪品种的遗传差异,寻找与肌内脂肪沉积相关的差异表达基因及信号通路,为进一步研究猪背最长肌肌内脂肪沉积的分子机制提供科学依据,进而为培育符合人们需求的猪品种提供理论基础。本研究主要结果如下：(1)构建了两猪品种背最长肌的cDNA测序文库,并完成转录组测序。杜洛克猪和槐猪通过测序分别获得45775612条和46337424条raw reads,raw reads经过质量控制后,分别获得34496450条和36177844条clean reads, GC含量均在49%左右,Q30均在94%以上。两猪品种的c lean reads与参考基因组的比对率均达到78%以上。(2)杜洛克猪和槐猪背最长肌分别有44582个和103583个SNP,其中碱基转换的比例均达到74%以上；此外,杜洛克猪和槐猪分别发现8216个和8608个新可变剪切,其中外显子跳跃最多,分别为4151个和4305个(3)以FPKM≥0.1作为判断基因表达的阈值,杜洛克猪和槐猪背最长肌中发生表达的基因分别有16012个和15839个,其中14943个基因在两猪品种中均有表达。以|log2FC|≥1且 FDR<0.01乍为筛选标准,发现两猪品种背最长肌共有953个差异表达基因。与杜洛克猪相比,槐猪有589个上调基因和364个下调基因。(4)差异表达基因与NR, Swiss-Prot, GO, COG和KEGG数据库进行序列比对后,分别有94.12%、82.58%、84.47%、48.58%和31.58%的差异表达基因拥有注释。对这些基因进行GO分析,发现它们共分类到48个GO条目中,其中细胞组分13个、分子功能12个和生物学过程23个,这三个GO本体分别包括747个、705个和743个基因。通过KEGG通路富集分析发现杜洛克猪和槐猪差异表达基因中的315个富集到185个KEGG通路,发现了与调节脂类代谢相关的PPAR信号通路和脂肪细胞因子信号通路。在所有富集到的KEGG通路中有6个是显著富集的通路。(5)通过qPCR方法对随机选取的8个差异表达基因进行验证,发现qPCR结果与RNA-seq结果一致；对RNA-seq和qPCR两种方法所得的差异倍数进行线性拟合后,发现相关程度很高。