本论文在借鉴中药指纹图谱研究的基础上结合蒙药材自身特点对内蒙古产两种常用蒙药黄柏、黄芩的指纹图谱进行了研究及建立。并且对两种蒙药当中的有效成分含量进行了提取及测定。采用高效液相色谱法对两种常用蒙药黄柏和黄芩建立HPLC指纹图谱,分别以盐酸小檗碱和黄芩苷为对照品,对蒙药黄柏、黄芩建立指纹图谱色谱条件的检测波长、流动相、柱温进行了优化,完成了系统的方法学考察,对所收集的内蒙古地区所产的各10个批次黄柏、黄芩药材进行了色谱分析,建立了高效液相色谱指纹图谱。运用“中药色谱指纹图谱计算机辅助相似性评价系统软件”对蒙药材进行了相似度评价。结果表明,该方法具有很好的稳定性、重现性。同时,分别采取超声法、回流法提取黄柏药材中小檗碱和黄芩药材中黄芩苷,并对影响小檗碱和黄芩苷提取因素作了考察,设计了正交实验,得到了最佳提取条件。采用高效液相色谱法分别对两种蒙药材中小檗碱含量以及黄芩苷含量进行了测定。结果表明,内蒙古产黄柏中小檗碱含量为2.88%,黄芩苷含量为11.24%。又分别对产地为辽宁和内蒙古的黄柏中的小檗碱含量和黄芩中的黄芩苷含量进行了比较分析,结果表明,辽宁产黄柏药材中小檗碱的含量高于内蒙古产;内蒙古药材中黄芩苷的含量高于辽宁产。本文的研究结果表明,建立蒙药指纹图谱及对其有效成分含量的测定能够客观反映蒙药材内在质量,不同产地药材内在质量存在一定差异。这为蒙药材黄柏和黄芩的指纹图谱研究及蒙药材的进一步开发和应用提供了参考依据。