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长穗偃麦草（Elytrigia elongata (Host) Nevisk.=Syn. Thinopyrum ponticum (Podp.)Barkworth and D. R. Dewey）是小麦的野生近缘植物之一，具有生长繁茂、多花多实、抗多种小麦病害（三锈、白粉、赤霉、黄矮病等）、抗寒冷、耐盐碱、耐干旱、较耐湿、耐贫瘠以及高蛋白等优良性状，是小麦遗传改良中具有重要价值的优异外源基因供体。本研究利用分子细胞遗传学和分子生物学等方法对小麦与长穗偃麦草不同杂种世代中偃麦草染色体的传递特点、主要细胞学及性状特点进行了分析；综合利用形态学、分子细胞遗传学和分子标记等方法对选育的优异小偃麦种质材料进行了鉴定，对白粉病抗性基因进行了分子标记定位。获得以下主要结果：1.以拟鹅观草总基因组DNA（St）作探针，对长穗偃麦草根尖细胞有丝分裂染色体进行基因组原位杂交（GISH），可以将长穗偃麦草根尖细胞染色体分为5种不同的类型。利用覆盖普通小麦A、B、D基因组的4560对SSR引物和1200个RAPD引物，对二倍体长穗偃麦草（Ee）、比萨偃麦草（Eb）、拟鹅观草（St）和十倍体长穗偃麦草进行了分子标记分析结果表明，长穗偃麦草的染色体组间具有较近的亲缘关系，但同二倍体供体种染色体组已有较大差异，Ee、Eb和St染色体组应为十倍体长穗偃麦草的基本染色体组，其染色体组组型公式应为StStEeEbEx。2.运用形态学和分子细胞遗传学等方法，分析长穗偃麦草和小麦杂种F1、F2、BC1F1、BC1F2、BC2F1等不同杂种世代的染色体组组成及构型，明确了小麦与长穗偃麦草不同杂种世代的染色体分离特点，以及不同杂交方式对杂种后代染色体及性状分离的影响。3.对在普通小麦与长穗偃麦草杂种后代中选育的3个八倍体小偃麦（SN19、SN20和SN122）、11个小偃麦渐渗系山农87074-513、-526、-541、-551、-554、-555、-557、-565、-576、NX22、NX28和3个小偃麦易位系NX5、NX24、NX25进行了鉴定，明确了其主要性状和细胞学特点。4.利用基因组原位杂交（GISH）和荧光原位杂交（FISH）技术，确定了19个小偃麦异染色体系的染色体构成特点。以拟鹅观草总基因组DNA为探针的GISH分析结果表明，八倍体小偃麦SN19染色体总数为54条，含12条长穗偃麦草染色体；SN20和SN122染色体总数均为56条，各含14条长穗偃麦草染色体；小偃693和小偃7430染色体总数也均为56条，但小偃693含16条长穗偃麦草染色体，小偃7430含12条长穗偃麦草染色体。5个八倍体小偃麦的外源染色体构成分别为：2"St+4"Ee、1"St+5"Ee+1"Eb、1"St+4"Ee+2"Eb、4"Ee+4"Eb和1"St+4"Ee+1"Eb。对NX5、NX24和NX25的原位杂交鉴定证明，它们均是小麦-长穗偃麦草染色体小片段易位系，易位片段均在小麦1BS染色体端部。以荧光绿标记的pAsl和德克萨斯红标记的pHvG38为探针，对11个小偃麦渐渗系（87074-513、-526、-541、-551、-554、-555、-557、-565、-576、NX22、NX28）和3个小偃麦易位系（NX5、NX24、NX25）的荧光原位杂交鉴定证明，14个小偃麦种质材料的部分染色体与普通小麦亲本均有不同程度的结构变异。5.在对获得的稳定小偃麦种质SN0224进行细胞学和原位杂交鉴定的基础上，利用优选小群体方法，筛选获得3个与小偃麦易位系SN0224的抗白粉病基因PmSn0224紧密连锁的SSR标记（Barc212、Xwmc522和Xbarc1138），并将抗白粉病基因定位在小麦2A染色体上。