林麝（Moschus berezovskii）,为东亚特有经济物种,雄麝分泌的麝香为名贵的中药材和珍稀香料。受过度捕杀及栖息地破碎化的影响,野生林麝数量锐减。开展人工养麝是保护林麝野生资源的有效方式,也是获取麝香的最佳途径。近年来,育种者已经在林麝养殖中积累了丰富的经验,然而一些遗传相关问题随着种群扩大日益凸显。目前,可用于林麝遗传管理的信息有限,充分开发利用现有遗传资源需要综合掌握其遗传变异情况。本文以三个圈养种群共274只林麝作为研究对象,基于RAD测序综合评估三个种群的遗传变异情况及群体遗传结构。这三个种群分别起源于巴山（Tp）、秦岭（Ql）、川西（WS）,是中国养麝业的代表。此外,比较分析了三个种群的泌香量差异,并对SNP与泌香性状进行关联分析。主要研究结果如下:1.RAD测序共获得3,155,404,082高质量的Clean reads,聚类产生188,761,630Stacks,个体平均测序深度达5.32×。经变异筛选,获得4,371,985个高质量的SNP。2.遗传多样性分析显示,Ql种群的遗传多样性水平最高,Tajima’s D值揭示Tp与WS种群经历过种群瓶颈效应。FIS在三个种群中均大于0,变化范围为0.34-0.56,表明三个圈养种群均存在不同程度近交。3.群体遗传结构分析显示,三个种群已经独立进化,尽管Tp与Ql种群间存在低频的基因流。WS是由Ql种群进化来的独立分支,两者具有较近的亲缘关系。三个种群间的FST变化范围为0.065-0.088,表明三个种群已出现中等程度的遗传分化。4.对泌香量进行统计分析,结果显示,Tp与WS种群中泌香不合格个体所占比例最高。三个种群的年平均泌香量为:Tp（12.82±4.76 g）＞WS（12.51±4.79 g）＞Ql（10.99±4.79 g）,Tp与WS种群的泌香量显著高于Ql种群（P＜0.05）。5.关联分析共筛选到11个泌香相关SNP位点,其中,4个位点与泌香显著相关,对泌香的解释率达16.28%。此外,两个SNP分别被注释为钙结合蛋白与泛素类似蛋白。本研究在更大的空间尺度下对圈养林麝遗传结构进行评估,发现林麝遗传多样性处于较低水平,且不同区域的三个种群间已经发生中等程度的遗传分化,为林麝遗传资源保护及遗传改良提供了数据支持,可以帮助育种者优化管理方案。